در روز بیستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهریور 1281 هجرى شمسى ( 24 سپتامپر 1902 میلادى) در شهرستان خمین از توابع استان مرکزى ایران در خانواده اى اهل علم و هجرت و جهاد و در خاندانى از سلاله زهراى اطهر سلام الله علیها, روح الله الموسوى الخمینى پاى بر خاکدان طبیعت نهاد .
او وارث سجایاى آباء و اجدادى بود که نسل در نسل در کار هدایت مردم وکسب معارف الهى کوشیده اند. پدر بزرگوار امام خمینى مرحوم آیه الله سید مصطفى موسوى از معاصرین مرحوم آیه الله العظمى میرزاى شیرازى (رض) که پس از آنکه سالیانى چند در نجف اشرف علوم و معارف اسلامى را فرا گرفته و به درجه اجتهاد نایل آمده بود به ایران بازگشت و در خمین ملجأَ مردم و هادى آنان در امور دینى بود. در حالیکه بیش از 5 ماه از ولادت روح الله نمى گذشت, طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حکومت وقت نداى حق طلبى پدر را که در برابر زورگوئیهایشان به مقاومت بر خاسته بود, با گلوله پاسخ گفتند و در مسیر خمین به اراک وى را به شهادت رساندند. بستگان شهید براى اجراى حکم الهى قصاص به تهران (دار الحکومه وقت) رهسپار شدند و بر اجراى عدالت اصرار ورزیدند تا قاتل قصاص گردید
بدین ترتبیب امام خمینى از اوان کودکى با رنج یتیمىآشنا و با مفهوم شهادت روبرو گردید. وى دوران کودکى و نوجوانى را تحت سرپرستى مادر مومنه اش (بانو هاجر) که خود از خاندان علم و تقوا و از نوادگان مرحوم آیه الله خوانسارى ( صاحب زبده التصانیف ) بوده است و همچنین نزد عمه مکرمه اش ( صاحبه خانم ) که بانویى شجاع و حق‌جو بود سپرى کرد اما در سن 15 سالگى از نعمت وجود آن دو عزیز نیز محروم گردید .