در روز بیستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهریور 1281 هجرى شمسى ( 21 سپتامپر 1902 میلادى) در شهرستان خمین از توابع استان مرکزى ایران در خانواده اى اهل علم و هجرت و جهاد و در خاندانى از سلاله زهراى اطهر سلام الله علیها , روح الله الموسوى الخمینى پاى بر خاکدان طبیعت نهاد و وارث سجایاى آباء و اجدادى بود که نسل در نسل در کار هدایت مردم و کسب معارف الهى کوشیده اند . پدر بزرگوار امام خمینى مرحوم آیه الله سید مصطفى موسوى از معاصرین مرحوم آیه الله العظمى میرزاى شیرازى (رض), پس از آنکه سالیانى چند در نجف اشرف علوم و معارف اسلامى را فرا گرفته و به درجه اجتهاد نایل آمده بود به ایران بازگشت و در خمین ملجاء مردم و هادى آنان در امور دینى بود.
در حالیکه بیش از 5 ماه از ولادت روح الله نمى گذشت, طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حکومت وقت نداى حق طلبى پدر را که در برابر زورگوئیهایشان به مقاومت بر خاسته بود, با گلوله پاسخ گفتند و در مسیر خمین به اراک وى را به شهادت رساندند. بستگان شهید براى اجراى حکم الهى قصاص به تهران (دار الحکومه وقت) رهسپار شدند و بر اجراى عدالت اصرار ورزیدند تا قاتل قصاص گردید بدین ترتیب امام خمینى از اوان کودکى با رنج یتیمی آشنا و با مفهوم شهادت روبرو گردید. وى دوران کودکى و نوجوانى را تحت سرپرستى مادر مومنه اش (بانو هاجر) که خود از خاندان علم و تقوا و از نوادگان مرحوم آیه الله خوانسارى ( صاحب زبده التصانیف ) بوده است. همچنین نزد عمه مکرمه اش ( صاحبه خانم ) که بانویى شجاع و حقجو بود سپرى کرد اما در سن 15 سالگى از نعمت وجود آن دو عزیز نیز محروم گردید .