بردباری برای مسیحیان مسئله ای بسیار دشوارتر بود. از نظر ایشان، یهودیت مقدمه یا طلیعه دین خودشان و مسیحیت تحقق وعده هایی است که خداوند به یهودیان داده است. یهودیان این عقیده را رد می کردند و این امر مخالفت آنان با بعضی از اصول محوری آیین مسیحی تلقی می شد. بردباری در بین شاخه های مختلف مسیحیت مآلاً مشکلی حتی بزرگ تر از آب درآمد. بدیهی است که عنصر خارجی آسان تر تحمل می شود تا دگراندیش داخلی. مرتد به مراتب خطرناک تر از ملحد است. اثر معروف فیلسوف انگلیسی جان لاک زیر عنوان «نامه ای درباره بردباری» که در اواخر سده هفدهم نوشته شد، درخواستی است برای بردباری دینی که در آن زمان هنوز فکری نسبتاً جدید بود. او نوشت: «نه مشرک، نه مسلمان، نه یهودی هیچ یک نباید به علت دین خود از حقوق مدنی کشور محروم شود.» ولی اگر دقت کنیم، یکی در این میان از فهرست حذف شده و آن، کاتولیک است.
تفاوت روشن است. در نظر لاک و هم روزگارانش، مشرک و مسلمان و یهودی برای مذهب رسمی انگلستان خطری ایجاد نمی کردند _ اما کاتولیک خطرناک بود. کاتولیک می خواست مذهب پروتستان را براندازد و انگلستان را کاتولیک کند و، به قول ردیه نویسان پروتستان در آن روزگار، یوغ اطاعت از فرمانروایی بیگانه _ یعنی البته پاپ در رم _ را برگردن آن کشور بنهد.
مسلمانان عموماً در جوامع خویش نسبت به تنوع و تعدد بردبارتر بودند و حتی حدیثی قدیمی را شاهد می آوردند که اختلاف، رحمت خداوند است. مفهوم ارتداد _ به تعبیر مسیحی عقیده نادرستی که مراجع رسمی مذهبی آن را به این عنوان بشناسند و محکوم کنند _ در اسلام کلاسیک جایی نداشت. انحراف و اختلاف به جز در موارد نادر، فقط هنگامی هدف تعقیب و آزار قرار می گرفت که نظم موجود را با خطر جدی مواجه کند. اصولاً خود این تصور که مرجعی رسمی دارای این اختیار وجود داشته باشد که درباره مسائل ایمانی قضاوت کند و حکم دهد، با اندیشه و عمل اسلام سنتی بیگانه بود _ ولی اکنون دیگر آن چنان بیگانه نیست.
یکی از پیامدهای همانندی سابقه و نگرش بین مسیحیت و اسلام، تعارض دراز میان دو تمدنی بوده است که هویت خود را از آنها گرفته اند. وقتی آن دو دین در حوزه مدیترانه به یکدیگر رسیدند، چون هر دو مدعی بودند که واپسین وحی الاهی به آنها رسیده است، معارضه پرهیزناپذیر بود _ معارضه ای کمابیش مداوم که طی آن، نخستین هجوم عربان دامنه اسلام را با کشورگشایی به سوریه و فلسطین و مصر و شمال آفریقا و لااقل تا مدتی به جنوب اروپا رسانید که همه در آن عصر جزء سرزمین های مسیحی بودند؛ بعد تاتارها اسلام را به روسیه و اروپای شرقی بردند و سپس ترک ها به بالکان. به هر یک از این پیشروی ها، مسیحیت پاسخی شدید داد: بیرون راندن عرب ها از اسپانیا، جنگ های صلیبی در نواحی شرق مدیترانه، شکستن آنچه روس ها در تاریخ خود آن را یوغ تاتار می نامند، و سرانجام حمله متقابل عظیم اروپا به سرزمین های اسلامی که معمولاً امپریالیسم خوانده می شود.