سازمان و مدیریت اجرایی جمهوری اسلامی ایران می تواند به کار آمدی حداکثری خود نایل گردد اگر ابهامات موجود در آن بدقت شناسایی و به صورت علمی ارزیابی شوند. از الزامات یک سازمان کارآمد داشتن شفافیت در تعریف نقشی است که هر یک از ارکان و نهاد های آن سازمان به عهده می گیرند. این تعریف نقش ها قاعدتا باید مورد قبول ارکان و نهاد های مختلف باشد و تجلی خود را در اظهارات و نحوه همکاری بینابینی نشان دهد . در غیر این صورت ابهام در نظر، موجب ابهام در عمل می گردد. هدف ما در این فصل انجام آسیب شناسی به عنوان مقدمه ضروری در رفع معضلات سازمان اجرایی جمهوری اسلامی ایران است. برای ورود به موضوع، اظهارات زیر را مورد توجه قرار می‌دهیم:
من فکر می‌کنم که اگر در سطح مسؤلین هر کسی در جایگاه قانونی خویش به وظایف خود عمل کند، یک بخش مهمی از مشکلات حل می‌شود. نباید تداخل در کارها بشود. سیاست کلی را مقام معظم رهبری تعیین می‌کند و اگر چند نفر دیگر بلند شدند و سیاست کلی تعیین کردند، این مداخله است، نباید کسی در کار دولت دخالت کند و همینطور در کار قوه قضاییه یا مقننه یعنی هر کسی سر جای خودش وظایفش را انجام دهد.
در سطح نخبگان مشکلی داریم تبیین مفاهیم کلیدی دوره خودمان است. ما تعریف کاملی از آزادی، دموکراسی و جامعه اسلامی ارائه نکرده‌ایم. باید هرچه زودتر این مفاهیم بنیادین را تعریف و تفسیر کنیم و تفاوت بین آزادی و دموکراسی اسلامی را با آزادی و دموکراسی غربی مشخص کنیم (1).
این اظهارات را می‌توان تاییدی برای قاعده ابهام در نظر، ابهام در عمل تلقی کرد، زیرا تا زمانی که مفاهیم کلیدی خوب تعریف نشده باشند و تا هنگامی که این مفاهیم نزد دست اندرکاران، تعاریف متفاوت و گاه متضادی داشته باشند، آنگاه این ابهامات، به شکلی خود را در عمل نشان خواهند داد. اینک مواردی را در چند بخش در معرض ارزیابی صاحب نظران قرار می‌دهیم.
1- جایگاه و نقش مجلس خبرگان رهبری
هنگامی که ساختار مدیریتی نظام سیاسی جمهوری اسلامی ایران به شفافیت لازم نرسیده باشد و نوعی وفاق حداقل در سطح نخبگان بوجود نیاید آنگاه می‌توان انتظار داشت که مشکلات و ابهامات در همه جای نظام سیاسی بروز یابد. از جمله تفاوت دیدگاه‌ها را می‌توان در مورد مجلس خبرگان رهبری مشاهده نمود:
در آستانه برگزاری انتخابات خبرگان قرار داریم و با این همه، هنوز چنانکه باید و شاید درباره ماهیت مجلس خبرگان و جایگاه آن در ساختار سیاسی کشور، تفاهم و توافق چندانی میان جناح‌های سیاسی وجود ندارد. بخشی از این ابهامات و سردرگمی‌ها به خاطر عدم وضوح و شفافیت دیدگاه‌های سیاسی و منظومه‌های اندیشگی و دکترین های سیاسی پایه‌ای در میان نخبگان کشور است (2).
بعضی رابطه مردم و خبرگان رهبری را کشفی می‌دانند و بعضی معتقد هستند که رابطه مردم و خبرگان کشفی نیست بلکه انتخابی است و آنها (یعنی خبرگان رهبری) وکیل مردم هستند (3).
ارائه مباحث نظری در این سطح را می‌توان نشانه وجود ابهام در رابطه با مبانی نظریه جمهوری اسلامی تلقی نمود، چنانچه در فصل دوم مورد ملاحظه قرار گرفت. بخشی از ابهامات را می‌توان به مورد ترکیب مجلس خبرگان مرتبط دانست چنانچه دیدگاه‌های متفاوت را ذیلاً مورد ملاحظه قرار می‌دهیم:
در خصوص مجلس خبرگان، قانون اساسی رسیدگی به صلاحیت کاندیداها را به خود خبرگان واگذار کرده است. مجلس خبرگان آیین نامه‌ای تصویب کرده که مطابق آن رسیدگی به صلاحیت داوطلبان کاندیداتوری مجلس خبرگان برعهده فقهای شورای نگهبان است. از نظر من این خبرگان، خبرگان جامعی که باید رهبری را انتخاب و بر اختیارات و وظایف او نظارت کند، نیست (4).