خلیج فارس از نظر زمین شناسی در نتیجه انفعالات اواخر دوران سوم زمین شناسی که سبب پیدایش جبال زاگرس و رشته های جنوبی ایران گردیده است، به وجود آمده و قبل از این دوره به صورت زبانه باریکی بوده است. در همین دوران بر اثر پیدایش جبال زاگرس در غرب فلات ایران و فرورفتگی جنوب فلات ایران، آب اقیانوس هند از طریق خلیج عمان به طرف غرب آمده و خلیج فارس را ایجاد کرده است. در نتیجه ایجاد چین خوردگی و به وجود آمدن طاقدیس ها و ناودیس ها در کف این دریا و در نتیجه رسوبات ته دریا و مواد آلی و بسیاری عوامل دیگر، ذخایر عظیمی از نفت در تمامی کف خلیج فارس و حواشی و جزایر آن از جمله جزایر بحرین به وجود آمده است. به طور کلی جزایر بحرین از نظر ساختمانی دنباله فلات ایران بوده که از زیر آب های خلیج فارس سربرآورده و ظاهر شده است. بدین ترتیب، بحرین در نیمکره شمالی ، نیمکره شرقی، در جنوب غربی قاره آسیا در منطقه خاورمیانه، به صورت مجمع الجزایری در جنوب خلیج فارس واقع شده است و در سمت راست آن در فاصله 27 کیلومتری، کشور امیرنشین قطر و در سمت مغرب آن در فاصله 24 کیلومتری عربستان سعودی و در شمال آن با فاصله نسبتاً دوری، ایران قرار دارد. نزدیکترین شهر ایران به بحرین بندر بوشهر است که تا لنگرگاه بحرین 361 کیلومتر فاصله دارد.
مجمع الجزایر بحرین با وسعت 26/695 کیلومتر مربع از سی و پنج جزیره بزرگ و کوجک تشکیل شده که بین 5/25 درجه و 5/26 درجه عرض شمالی و بین 50 درجه و 52 درجه طول شرقی واقع شده است. بزرگترین این جزایر بنام جزیره بحرین (جزیره منامه) موسوم است که گاهی «اوال» و در قدیم به تیلوس معروف بوده است. طول این جزیره از شمال به جنوب 50 کیلومتر (30 مایل) و عرض آن بین 13 و 25 کیلومتر (15-8 مایل) است و شهر منامه، پایتخت بحرین در همین جزیره واقع شده است. در انتهای جنوبی جزیره، دماغه ای به نام «رأس البر» وجود دارد. این جزایر در قسمت جنوب ماسه ای و هموار، در قسمت های مرکزی بیابانی و لم یزرع و در قسمت شمال آباد و حاصلخیز است.
بحرین فاقد مرز زمینی است، تنها می توان گفت با احداث پلی که بحرین را به عربستان سعودی متصل می کند، توانسته است از طریق زمینی با کشور دیگری مرتبط شود؛ در حالی که خط ساحلی آن به طول 161 کیلومتر است. خط مرزی کرانه های ایران و بحرین شامل نقطه گردش های زیر است:
نقطه گردش 1: این نقطه گردش، اولین نقطه در انتهای خاوری این مرز دریایی است و بین عرض شمالی 27 درجه و صفر دقیقه و 35 ثانیه و خط آزیموت 278 درجه و 14 دقیقه و 27 ثانیه در جائی که خط مرزی دریایی بحرین و قطر شروع می شود، قرار دارد.
نقطه گردش 2: روی عرض شمالی 27 درجه و 2 دقیقه و 46 ثانیه و طول شرقی 51 درجه و 5 دقیقه و 54 ثانیه واقع شده است.
نقطه گردش 3: واقع در عرض شمالی 27 درجه و 6 دقیقه و 30 ثانیه و طول شرقی 50 درجه و 57 دقیقه و صفر ثانیه.
نقطه گردش 4: واقع در عرض شمالی 27 درجه و 10 دقیقه و صفر ثانیه و طول شرقی 50 درجه و 54 دقیقه و صفر ثانیه.
این مرز 3/28 مایل دریایی طول دارد و نقاط پایانی آن بین 5 تا 10 مایل به کرانه های ایران نسبت به کرانه های بحرین نزدیک است.
منطقه نظارت بحرین 24 مایل دریایی است. فلات قاره مشخصی ندارد و دریای سرزمینی آن (آب های منطقه ای بحرین در خلیج فارس) 12 مایل دریایی است.
از لحاظ وسعت، بحرین 112 برابر از ابوظبی، 17 برابر از قطر و 7 برابر از دوبی کوچکتر است. بحرین عمدتاً سرزمینی بیابانی و شوره زار است که غالباً هموار و خاکی از کوهستان می باشد و از نظر طبیعی به سه بخش متمایز تقسیم می شود:
1- بخش حاصلخیز شمالی
از ابتدای کناره های شمالی جزیره تا مسافت نسبتاً زیادی کشیده شده است. پهنای این بخش گاه تا 5 کیلومتر می رسد. این منطقه دارای موقعیت مناسبی از جهت کشاورزی است. آب نسبتاً فراوان و زمین حاصلخیز، باغ ها و مزارع سرسبزی به وجود آورده که در بین امارات خلیج فارس بی نظیر است.
2- بخش مرکزی
صحرای خشک است، در جنوب منطقه اول قرار گرفته و تا کناره های دو طرف گسترش یافته است. این بخش به کلی با بخش شمالی مغایرت دارد. زمین هایش خشک و کویری است و از کشت و زرع در آن خبری نیست. زمین پوشیده از گیاهان صحرایی است که انواع آن گاهی به 200 گونه می رسد.
3- بخش جنوبی
صحرایی شنی و ماسه ای است و مابقی جزیره اصلی بحرین را تا رأس البر، یعنی تا انتهای جزیره را پوشانده است. در این بخش ارتفاعاتی کم و بیش دیده می شود که غالباً به صورت تپه های شنی و سنگی است. کلاً از لحاظ طبیعی می توان گفت: 2% کل این سرزمین حاصلخیز، 2% دارای محصولات دائمی، 6% علفزار و مرتع و 90% مابقی آن را خاک تشکیل می دهد. مساحت کشت آبی بحرین، 10 کیلومتر مربع می باشد.
آب و هوا
از آنجا که این کشور به صورت جزیره است تا حدودی دارای آب و هوای نسبتاً مرطوب است، ولی به سبب نزدیکی با منطقه حاره، دارای تابستان های بسیار گرم و مرطوب و زمستان های نسبتاً معتدل است. به طوری که می توان گفت از آبان تا اردیبهشت ماه، هوایی مطبوع دارد و از خرداد تا مهرماه گرم و مرطوب است. در ماه های تیره و مرداد، درجه حرارت غالباً از 40 درجه سانتیگراد تجاوز می کند.
در بحرین تنها دو فصل وجود دارد: فصل گرما و فصل معتدل. معمولاً فصل اعتدال و خنکی هوا از حدود پائیز تا اواخر زمستان ادامه دارد. حداکثر میزان رطوبت در روز به 95% می رسد که این نسبت در زمستان کاهش می یابد.
میزان بارش باران نیز نادر است و در ماه های فصل اعتدال صورت می گیرد و میزان متوسط سالانه آن 130 میلیمتر است، از این رو از لحاظ میزان بارش سالانه، کشوری خشک محسوب می شود و لذا مسئله کم آب و لزوم صرفه جویی در مصرف آن برای این منطقه بسیار حائز اهمیت است. کم ارتفاع بودن بحرین و مجاورت آن با بیابان ها و شنزارهای عربستان سعودی باعث وزش بادهای موسمی در این سرزمین می شود. سرعت وزش باد به ندرت از 14 گره (7 متر در ثانیه) تجاوز می کند اما در مواردی استثنائی وزش بادهایی به سرعت 51 گره (26 متر در ثانیه) نیز به ثبت رسیده است. در منطقه شمال بحرین، بادهایی موسوم به باد شمال می وزد که در آب و هوای منطقه مؤثر بوده و از گرمای شدید آن می کاهد. درحالی که در مناطق جنوب، بادهای موسمی از سوی بیابان های عربستان می وزد که گرم و خشک است و اغلب ذرات شن و ماسه های صحراهای مجاور را به همراه دارد.
آب های داخلی
در شمال شرقی جزیره بحرین، خلیج کوچکی به نام ستره وجود دارد که به سبب نزدیکی با جزیره ستره به این نام موسوم شده و اسکله های بارگیری نفت در کنار همین خلیج قرار دارد.
سرزمین بحرین فاقد رودخانه است ولی از منابع سرشاری نظیر چشمه های آب زیرزمینی برخوردار است که کمتر در منطقه خلیج فارس بدین اندازه وجود دارد. تعداد تقریبی چشمه های آب شیرین، در قعر دریا به 200 چشمه و در ساحل به 25 چشمه می رسد. این چشمه ها نقش مهمی را در زندگی مردم ایفا کرده و یکی از دلایل شهرت مروارید بحرین به خاطر وجود همین چشمه های آب شیرین است. علاوه بر اینها دریاچه های کوچکی در این کشور وجود دارد که به «عیون» یعنی «چشمه» معروف است. مهمترین آن ها عبارت است از: عذاری، ام الشعوم، ابوزیدان، الجزیره، الرهاء، والسفاحیه. این دریاچه ها در گذشته در پیشبرد کشاورزی منطقه نقش مؤثری داشته اند، ولی به مرور زمان دچار آلودگی با آب دریا شده اند و میزان املاح در آن ها افزایش یافته و کمتر مورد استفاده قرار می گیرند. گفته می شود منابع اصلی این چشمه ها در منطقه شرقی عربستان سعودی قرار دارد.
کوه ها و آتشفشان ها
چون بحرین سرزمینی سنگلاخی و شنی است و به طور کلی منطقه ای بیابانی محسوب می شود، لذا ارتفاعات زیادی ندارد. تنها در بخش جنوبی جزیره یعنی از جنوب جزیره اصلی بحرین تا رأس البر، ارتفاعاتی کم و بیش دیده می شود. بلندترین ارتفاع این ناحیه جبل الدخان به ارتفاع 142 متر است که قله آتشفشانی خاموش است و در اطراف آن همواره دودی مشاهده می شود که گویا از احتراق منابع گاز می باشد.