مسجد جامع اصفهان خرقه‌ای است هزارگون به ارث رسیده از گذشتگان که در طول 12 قرن هر وارثی نقشی بر اندام آن انداخته، از معماری ساده قرن دوم ه.ق تا آجرکاری‌های سلجوقی و نقوش کاشیکاری صفوی به قول دکتر «حسین یقینی» پژوهشگر تاریخ و معماری آلبومی از هنر معماری ایرانی.
انعقاد نطفه اصفهان بزرگ را باید همزمان با بنیاد مسجد جامع اصفهان در محل فعلی آن در سال 156 ه.ق دانست. بنای اولیه مسجد را طایفه بنی تمیم روی تپه یهودیه بنا کردند و بعدها ثروتمندان زمین‌های اطراف منتهی‌الیه شمال غربی مسجد را به آن اضافه کرده و کم کم بنای فعلی مسجد جامع امروزین را شکل دادند.
گرچه اعتقادی میان مردم اصفهان رواج دارد که معتقدند مسجد جامع اصفهان در محلی بنا شده که پیش از اسلام آتشکده بوده است اما این نظریه همچنان در هاله‌ای از ابهام باقی مانده در حالی که علت این ادعا را وجود یک «پی» دوره ساسانی در زمین محل گنبد خواجه نظام الملک می‌دانند اما دکتر «یقینی» با قاطعیت می‌گوید که بر اساس شواهد تاریخی این جا زمین بکری بوده که از ابتدا برای ساخت مسجد اختصاص داده شده است.
به هر روی مسجد ساده‌ای که قبیله بنی تمیم بنا کردند کم کم با گسترش جمعیت اصفهان در قرن سوم هجری و نیاز به فضایی وسیع‌تر در زمان خلیفه عباسی «المستعصم» در سال 226 ه. وارد دومین مرحله تحول اساسی خود شد، مسجد اولیه تخریب و مسجدی عظیم با وسعتی چند برابر مسجد اولیه جایگزین آن شد که به شکل مساجد جامع سایر شهرهای اسلامی همزمان خود بود شبستان این مسجد و جبهه جنوبی به سمت قبله دارای شش دهانه، شمال چهار دهانه و شرق و غرب دو دهانه داشت و دیواری خشتی مسجد را در برگرفته بود. نمای خارجی مسجد نیز با طاقه‌هایی از کاهگل سرخ رنگ تزئین شده بود.
مرحله سوم تحولات مسجد جامع اصفهان را باید در قرن چهاردهم ه.ق و اوج جنبش‌های ملی و تشیع و به دنبال آن ظهور سلسله آل بویه مشاهده کرد.
انتخاب اصفهان به عنوان یکی از مراکز عمده فرمانروایی این خاندان مسجد جامع را دور از تحولات نگه نمی‌دارد و در این مرحله علاوه بر الحاقاتی که در جهت توسعه مسجد صورت می‌گیرد یک مرمت کلی نیز در آن انجام میشود که با کم کردن از فضای باز صحن مسجد یک دهانه با ستون‌های آجری نقش هندسی به شبستان‌های سرپوشیده دور آن اضافه میشود ولی این قدم در طرح اساسی مسجد جامع تغییر عمده‌ای وارد نمی‌سازد..
اما شاید بزرگ‌ترین تحولاتی که به نوعی به مسجد جامع امروزین منجر شده است را باید در مرحله چهارم تغییرات یا به نوعی در دوره سلسله سلجوقیان دنبال کرد. مسجد بزرگ‌ترین تغییرات را از نقطه نظر کالبد داخلی و خارجی در قرون پنج و شش ه.ق به خود دید و بزرگ‌ترین تحول معماری ایران اسلامی در این دوره تاریخی ایجاد شد، درآمدن از پوسته مسجد ساده شبستانی به شکل مساجد چهار ایوانی که ویژه مساجد ایرانی است احتمالا از قرن پنج ه.ق به بعد و با مسجد جامع اصفهان آغاز شد. با ساختن گنبد خواجه نظام‌الملک در جنوب و گنبد تاج‌الملک در شمال مسجد و ایجاد چهار ایوان، مسجد از حالت شبستانی ساده درآمد. از این پس معماری مساجد چهار ایوانی ویژگی بارز معماری مساجد ایران میشود.
اصفهان از این زمان در فاصله قرون 7 تا 11 ه.ق که توسط صفویان به پایتختی برگزیده میشود دچار نوسانات شدید اقتصادی، اجتماعی و سیاسی میشود و به تبع آن تغییراتی در دوره ایلخانان، آل مظفر، تیموریان و ترکمنان آق قویونلو و... در مسجد جامع به وجود می‌آید که این تغییرات بیشتر در سطوح خارجی به خصوص نماهای داخلی مسجد، ایوان‌ها و تغییراتی در استخوان‌بندی بخش‌هایی از مسجد است.
تغییرات مسجد جامع از زمان سلجوقیه به بعد
جالب‌ترین آثار مسجد جامع در طی 60 سال حکومت سلجوقیان در فضای 22 هزار متر مربعی مسجد به وجود می‌اید در زمان سلطنت چهار پادشاه سلجوقی، ملکشاه، برکیارق، محمدبن ملکشاه و محمودبن محمد بن ملکشاه.
از آثار این دوره می‌توان به ایجاد گنبد خواجه نظام الملک در جنوب مسجد توسط خود او و کتبیه کوفی آن به نام پادشاه وقت اشاره کرد، همچنین گنبد شمالی (تاج الملک) که نزد مردم به گنبد خاکی شهرت دارد و به دستور ترکان خاتون ملکه سلجوقی بنا شد، این گنبد از نظر معماری و هنری زیباترین اثر معماری جهان نام گرفته است.
در همین جا ذکر این نکته جالب است که مسجد جامع اصفهان تنها مسجدی است که دو گنبدخانه دارد و نمونه آن را ما در هیچ مسجدی سراغ نداریم.
بخش دیگر مسجد جامع که در دوره سلجوقی ساخته شده چهلستون (ستون‌های آجری) و شبستان‌های شمال و جنوب مسجد با طاقنماهای آجری متنوع است که در حال حاضر جلب توجه می‌کند. در دو ضلع شرقی و غربی مسجد نیز آثاری وجود داشته شامل صومعه و کتابخانه که در آتش‌سوزی سال 514 یا 515 ه.ق از بین رفته است. در زمان سلطان محمود سلجوقی اسماعیلیان به مسجد حمله می‌کنند و کتابخانه نفیس آن را آتش می‌زنند گفته میشود فهرست کتاب‌های کتابخانه در سه جلد قطور تنظیم شده بوده است. کتیبه‌ای در شمال شرق مسجد و اطراف قدیمیترین سردر از این حریق حکایت می‌کند.
ضلع جنوبی مسجد
گنبد خواجه نظام‌الملک از جمله مهم‌ترین و شاخص‌ترین بنای ضلع جنوبی مسجد و از زیباترین آثار دوره سلجوقی با تزیینات گچی و آجری است که از سال 465 تا 485 (اوایل قرن ششم) اساس ساختمان آن بنا شد سقف آن مقرنس است و در اواخر قرن نهم هجری به امر حسن بیک آق قویونلو از نو ساخته شده و مناره‌های طرفین ایوان هم ظاهرا در زمان او بنا شدند، داخل یکی از مقرنس‌های ایوان کتیبه‌ای از اصلاحات و تعمیرات دوره حسن بیک بهادرخان در سال 880 ه.ق به چشم می‌خورد، ازاره‌های مرمر و صفه‌های مختلف از کاشیکاری‌های معرق برجسته که قسمت‌های پایین این ایوان را تزیین کرده و کاشیکاری پشت بغل طاقنمای فوقانی و تحتانی اطراف صحن از دوره حکمرانی اوزون حسن به جا مانده، باستان‌شناسان حدس می‌زنند اوزون حسن بیشترین تغییر را در ضلع جنوبی مسجد نسبت به سایر پادشاهان صفوی ایجاد کرده است، کتیبه داخل هلال این ایوان و کتیبه نمای دور طاق آن که 14 لوح بزرگ و 13 لوح کوچک است از زمان شاه طهماسب ایجاد شده و کتیبه ایوان آن به نام اوست.
کتیبه افقی فوقانی ایوان جنوبی از دوره شاه عباس ثالثی حاکی از تعمیرات آن زمان مورخ 1070 ه.ق است در طرفین گنبد و ایوان دو چهلستون است که دوره دوم سلجوقی و فرمانروایی جانشینان ملکشاه ساخته شده طرفین چهلستون مزبور سمت مشرق ساختمان‌های دوره آل مظفر است که از قرن هشتم در سمت چپ دالان و ورودی مسجد واقع شده و طاقها و ستون‌های آجری جالب متنوع دارد یک راهرو در جنوب شرقی مسجد این قسمت را از ساختمان‌های سلجوقی جدا می‌کند در سمت غرب چهلستون دیگری از قرن 11 ه.ق از زمان شاه عباس کبیر وجود دارد که سبک ساختمان طاقها و ستون‌های آن از چهلستون‌های سلجوقی واقع در همین ضلع پیروی می‌کند و آن را به نام چهلستون شاه عباسی می‌شناسند. ایوان ضلع جنوبی به ایوان صاحب معروف است.