مولکول ، دسته‌ای از اتمهاست که با پیوندهای شیمیایی در کنار یکدیگر قرار گرفته‌اند. مولکولهای یک عنصر ، یکسان و فقط حاوی اتمهای از یک نوع هستند. مثلا مولکولهای گاز اکسیژن از دو اتم اکسیژن تشکیل شده‌اند. مولکولهای یک ترکیب نیز یکسانند. اما در این مورد ، هر مولکول حاوی بیش از یک اتم است. مثلا در آب ، هر مولکول از دو اتم هیدروژن و یک اتم اکسیژن تشکیل شده است.
همه گازها ، اکثر مایعات و بسیاری از جامدات غیر فلزی از مولکول تشکیل شده است.
اندازه هر مولکول
اندازه مولکولها از حدود یک ده میلیونیم میلیمتر تا یک هزارم میلیمتر متغیر است. ساده‌ترین انواع مولکولها فقط دو یا سه اتم دارند. مثلا گاز هیدروژن از مولکولهایی تشکیل شده است که فقط دو اتم هیدروژن دارند. مولکولهای بزرگتر از انواع مختلفی از اتمها تشکیل می‌شوند که به صورت ساختار پیچیده‌ای در کنار هم قرار گرفته‌اند. مثلا یک مولکول گلوکز در مجموع ، 24 اتم کربن ، هیدروژن و اکسیژن است.
اما بزرگترین مولکولها در واقع از تعداد زیادی مولکولهای کوچکتر تشکیل می‌شوند که به صورت الگویی تکرار شونده در کنار یکدیگر قرار گرفته‌اند. این مولکولها ، درشت مولکول خوانده می‌شوند. به عنوان مثال ، درشت مولکول پلی اتیلن از درشت مولکولهایی تشکیل می‌شود که هر یک از آنها می‌تواند تا 50000 اتم داشته باشد.