یکی از ویژگی‌های اصلی دریاچه‌ها، تمایل آنها به لایه‌بندی شدن است. لایه‌بندی شدن براساس اختلاف چگالی می‌باشد و چگالی در دریاچه‌های لایه‌بندی شده از پایین به بالا کاهش می‌یابد. اختلاف چگالی در اثر درجه حرارت، میزان مواد معلق و شوری به وجود می‌آید. در دریاچه‌ها، لایه‌بندی براساس دما بیشتر از اختلاف در شوری و میزان مواد معلق اهمیت دارد. و در این نوع دریاچه‌ها سرعت کاهش چگالی، با افزایش دما، افزایش می‌یابد، به طوری که به عنوان مثال مقدار نیروی مورد نیاز برای مخلوط کردن دو توده آب لایه‌بندی شده در 29 و 30 درجه سانتی‌گراد، 40 برابر مقدار نیروی مورد نیاز برای دو توده مشابه 5 و 4 درجه سانتی‌گراد است. بنابراین دریاچه‌های گرمسیری آسانتر از دریاچه‌های مناطق معتدله لایه‌بندی می‌شوند، اما کاهش دمای جزئی در یک دریاچه گرمسیری باعث ایجاد جریان‌های همرفتی به طرف بالا میشود که اگر طولانی مدت باشد، ممکن است سرانجام بر روی تمام جسم آب اثر گذاشته و منجر به مخلوط شدن دو لایه شود.
دانسیته همچنین بستگی به میزان نمک حل شده دارد. در این دریاچه‌های از نظر شیمیایی لایه‌بندی شده، لایه زیرین شورتر بوده و لایه‌بندی بسیار پایدار است و مخلوط شدگی کم یا اصلاً وجود ندارد. هالوکلاین (Haloclin)، لایه‌ای از آب در این دریاچه‌ها است که تغییر میزان شوری سریعتر است و لایه سطحی که شوری کمتری دارد و آزادانه می‌چرخد، میکسوکلاین (mixocline) و لایه زیرین با چگالی بیشتر و شورتر monimolimnion نام دارد. این لایه‌بندی با رقیق شدن لایه‌های سطحی با ورودی‌های آب شیرین، بارش افزایش می‌یابد. (تصویر1)
در دریاچه‌های یخچالی، غلظت رسوبات معلق عامل مؤثر و اصلی بر روی چگالی می‌باشد و اختلاف دما در مقایسه بامیزان مواد معلق کم اهمیت می‌باشد. (Gustavson, 1995)
بیشترین منشأ گرما برای دریاچه‌ها، نور خورشید می‌باشد، جریان ژئوترمال از منابع عمیق حداقل می‌باشد.
تصویر 1: ترموکلاین، هالوکلاین و پاینوکلاین (Pinet, 2006)
کاهش دما با عمق در نتیجه اشعه گرمایی در سطح است. نیمرخ عمودی دما از یک دریاچه، پاسخ مستقیمی به نفوذ نور خورشید است (تصویر2). در دریاچه‌های از نظر گرما لایه‌بندی شده، یک لایه فوقانی گرم و اکسیژن‌دار دارای چرخش که اپی‌لیمنیون (epilimnion) نامیده میشود، بر روی مناطق زیرین سرد و نسبتاً ساکن به نام هایپولیمنیون (hypolimnion) کشیده شده است هایپولیمنیون در برخی مواقع احیایی است و اجازه حفظ شدن مواد ارگانیکی بر روی بستر دریاچه‌ای را می‌دهد. منطقه حد واسط متالیمنیون (metalimnion) نامیده میشود و سطحی که دما به سرعت با عمق کاهش می‌یابد ترموکلاین (Thermocline) نامیده میشود. (E. Tucker & V.wright, 1990)
تصویر 2. پروفیل دمایی دریاچه Tangayika، منطقه اپی‌لیمنیون با چرخش رو به پایین در حدود 80-50 متر در چرخش‌های روزانه، متالیمنیون با چرخش حداقل 200m در چرخش‌های فصلی و هالیپولیمنیون با حالت آنوکسیدی و دمای یکنواخت یا دمای متفاوت (Beadle, 1974)
Ahmad، (j.Ahmad, 2005) لایه‌بندی فصلی را این‌گونه توضیح می‌دهد:
در پاییز دمای هوا در سطح دریاچه سرد است و در نتیجه آبهای سطحی سرد با چگالی بیشتر به طرف پایین فرو میرود. در نهایت دمای کل آب دریاچه به Fْ39 (cْ4، بیشترین چگالی آب در این دماست).در هنگام زمستان سطح آب دریاچه در دمایcْ0 یا Fْ32 یخ می‌زند که چگالی آب سطحی کمتر از آب زیر آن است و پوشش یخی در سطح دریاچه مانع جریان باد و مخلوط شدن آب میشود، در نتیجه لایه‌بندی زمستانه (winter stratification) را داریم.
در هنگام بهار، یخ ذوب میشود و دمای آب بیشتر از صفر میشود. افزایش چگالی آب گرم همراه با عمل باد باعث میشود آب سطحی در آبهای عمیق فرو رود و مخلوط شود. این فرایند تغییر بهاره (spring tamover) نامیده میشود. در طول این دوره زمانی، بیشتر آب دریاچه با همان دما می‌باشد و آب سطحی و عمقی آزادانه مخلوط میشود. دریاچه‌های با سطح کوچک، به ویژه اگر از باد حفظ شود، در بهار معمولاً فقط برای چند روز کاملاً مخلوط می‌شوند. در برابر این، دریاچه‌های بزرگ اغلب هفته‌ها دارای چرخش آب هستند.
با ادامه گرم شدن سطح دریاچه در اواخر بهار و اوایل تابستان، اختلاف دمای بین آب سطحی و عمقی افزایش می‌یابد. در دریاچه‌های عمیق‌تر از 10 تا 12 فوت، اختلاف دمایی سرانجام نیروی به اندازه کافی قوی برای مقاومت در برابر نیروی مخلوط کنندگی باد ایجاد خواهد کرد (فقط احتیاج به اختلاف چند درجه فارنهایت برای جلوگیری از مخلوط شدن دارد.) هم اکنون آب سرد 3 لایه‌ای (اپی‌لیمنیون و هایپولیمنیون) است و لایه‌بندی تابستانه (summer stratification) نامیده میشود. متالیمنیون در مقابل مخلوط شدگی توسط باد به شدت مقاوم است.
مهم‌ترین اعمالی که باعث مخلوط شدگی آب دریاچه می‌شوند، شامل باد، آبهای ورودی و آبهای خروجی می‌باشند، در حالی که باد بر روی آبهای سطحی همه دریاچه‌ها اثر می‌گذارد، توانایی آن برای مخلوط کردن حجم آب ورودی دریاچه‌های با لایه‌بندی تابستانه کاملاً کاهش می‌یابد. این کاهش به علت تغییر سریع در دما و چگالی درون متالیمنیون است که شبیه به یک سد فیزیکی بین اپی‌لیمنیون و هاپیولیمنیون عمل میکند. برای قطع کردن سد، انرژی زیادی لازم است.
دریاچه‌هایی که در آبهای تحتانی خود در زمان سرمای زمستان دارای چرخش کامل هستند، هولومیکتیک (Holomictic) نامیده می‌شوند، دریاچه‌های پلی مکتیک (polymictic) دریاچه‌هایی هستند که هرگز لایه‌بندی نمی‌شوند، یا لایه‌بندی دمائی مقاومی را نشان نمی‌دهند و اغلب فقط به صورت روزانه‌اند. دریاچه‌های الیگومیکتیک بندرت دچار مخلوط شدگی می‌شوند. آنها به طور تیپیک کوچک هستند، اما دریاچه‌های گرمسیری خیلی عمیق به طور مشخص الیگومیکتیک، و با اختلاف دمایی اندکی در همه اعماق گرم هستند.
پایداری لایه‌بندی دریاچه بستگی به عوامل زیادی دارد. مهم‌ترین آن عمق، شکل و اندازه دریاچه است. اگرچه آب و هوا و جهت‌یابی دریاچه به طرف باد، جریانات ورودی / خروجی نقش مهمی دارند. تغییرات فصلی در دمای هوا و جریان‌های توربیدیتی ایجاد شده توسط اختلال در باد باعث از بین رفتن لایه‌بندی در لایه‌های فوقانی و زیرین‌تر وکلاین میشود. در دریاچه‌های کم عمق (کمتر از 10 تا 12 فوت عمق) نیروی باد به اندازه کافی قوی برای مخلوط کردن آبهای سطحی و عمقی است و بنابراین مانع ایجاد لایه‌بندی تابستانه میشود. در دریاچه‌های با گردش و ورود مداوم آب، لایه‌بندی گرمایی توسعه پیدا نمی‌کند. در حالی که در چنین دریاچه‌هایی ممکن است، شیب گرمایی از آبهای گرمتر سطحی به آبهای سردتر عمقی وجود داشته باشد، متالیمنیون واقعی به طور مشخص تشکیل نمی‌شود. لایه‌بندی تابستانه تا پاییز که آبهای سردتر عمقی وجود داشته باشد، متالیمنیون واقعی به طور مشخص تشکیل نمی‌شود. لایه‌بندی تابستانه تا پاییز که آبهای سطحی سرد و فرو رو می‌شوند، ادامه دارد. با سرد شدن آب دریاچه متالیمنیون ضعیف و از بین میرود. انرژی باد به اختلاط عمیق‌تر دریاچه کمک میکند. در این زمان کل دریاچه به یک دمای مشابه میرسد، نیروی باد دوباره قادر به مخلوط کردن آبهای فوقانی و تحتانی است که تغییر پاییزه (fall turnover) نامیده میشود که اگر همراه با باد باشد فقط چند ساعت لایه‌بندی تابستانه به تغییر پاییزه تبدیل میشود.
12 اثرات لایه‌بندی آب:
لایه‌بندی آب کاربرد مهمی در مدیریت ماهی‌گیری، اجتماعات فیتوپلانکتون‌ها و کیفیت آب دارد.
میزان اکسیژن: تنها بعد از این که لایه‌بندی تابستانه پایدار شد، هیپولیمنیون از اکسیژن حل شده حاصل از مخلوط شدگی در ابتدای بهار، غنی میشود. اما به علت عمل متالیمنیون به صورت یک سر بین اپی‌لیمنیون و هایپولیمنیون است که اساساً تبادل اکسیژن، هایپولیمنیون با اتمسفر قطع میشود، و اغلب به علت رشد و تولید اکسیژن توسط فوتوسنتز تیره از گیاهان و جلبک‌ها می‌باشد. (رزون نوردار دریاچه (غنی از مواد غذایی)، در ادامه تابستان هایپولیمنیون می‌تواند آنوکسید (بدون اکسیژن، یا غیرهوازی) باشد. این کمبود اکسیژن در اثر مصرف شدن توسط باکتری‌ها و دیگر ارگانیسم‌ها ایجاد میشود. بنابراین دراثر مخلوط شدگی لایه‌ها در اثر طوفان، مرگ دسته‌جمعی جلبک‌ها و فیتوپلانکتون‌های موجود در سطح دریاچه رخ می‌دهد و چون شرایط غیرهوازی است، مواد آلی حاصل از این موجودات حفظ می‌شوند. علاوه بر این ماهی‌ها در سطوح بالایی دریاچه که اکسیژن به مقدار کافی وجود دارد فراوان‌اند.