کتیبه های تاریخ دار بنا:
قدیمی ترین کتیبه بنا ، ضلع شرقی گنبد خانه ، مورخ به 389 است . این کتیبه در مرمت سال های اخیر آشکار شده است . بر کتیبه سر در مسجد ، تاریخ 704 ثبت است . و در منبت کاری شده این ورودی کتیبه ای دارد به تاریخ 825. ایوان شمالی مسجد و مقبره شیخ عبدالصمد هر یک کتیبه ای به تاریخ 707 دارد . بخش پایانی کتیبه سر در خانقاهی که در غرب مسجد بوده فرو ریخته بود که اکنون با تاریخ 716 مرمت شده است . سر در خانقاه چهار لوه مرمر دارد . که یکی از آن ها مورخ به 912 است و بر بالای در چوبی آن تاریخ 1348 دیده می شود . بر دو کتیبه مناره ، تاریخ های 725 ، 1342 ثبت است . در قدیمی ترین مسجد که به کوچه مجاور ضلع شمالی آن گشوده می شود ، کتیبه ای دارد گه طبق آن تاریخ اتمام ساخت درسال 972 و تاریخ نصب آن سال 1012 بوده است . درایوان جنوبی مسجد ، دولوح وقفنامه به تاریخ های 1103 و 1259 وجود دارد . در این ایوان ، کتیبه ای دیگر حاکی از تعمرات سال 1178 است . از زیر لایه های گچی پوشش این ایوان ، نوشته هایی به نظم و نثر با تاریخ های مختلف آشکار شده است . از جمله تاریخ های ، 899، 940، 951، 993، 1178 کتیبه ای منظوم در ایوان شمالی ماده تاریخی دارد که خبر از تعمیرات و سفید کار ی مسجد در سال 1139 می دهد .کف این ایوان نیز پوشش کاشی مورخ به 1366 و نیز 1326
ش دارد . صندوق قبر شیخ عبدالصمد نیز پوششی از کاشی دارد که بر اساس کتیبه منصوب بر بالای آن در سال 1045 انجام شده است . ضریح چوبی این آرامگاه مورخ 1064 است علاوه بر این کتیبه ها دو فرمان از شاه عباس صفوی وشاه زاده حسام السلطنه قاجار بر سر در مسجد وجود دارد که به ترتیب مرخ به 1024 و 1281 است .
بانیان و سازندگان بنا :
بر اساس کتیبه های موجود ، بانی مسجد جامع و خانقاه و مقبره شیخ عبدالصمد خلیفه بن حسین بن علی ماشتری و مباشر احداث این ابنیه شمس الدین محمد بن علی نطنزی بوده است . بر اساس کتیبه های گنبد مقبره ، معمار آن ابراهیم بن اسماعیل بنا اصفهانی و دستیارش شیخ اسماعیل بوده است . بر بدنه مناره نام محمد بین ابی علی و نیز امیرکبیر جلال الدین عبدالله دیده می شود و چنین نگاشته شده که این مناره به سعی کمال الدین محمد احداث شده است .
دردیگر کتیبه های مسحد ، نام بانیان مرمت قسمت های مختلف بنا ، مهدی بن غضنفر کاشانی و مولانا محمد باقرا دماوندی و حاجی میر ابراهیم حسینی نظنزی و غلامحسین خان نو.ری حاکم وقت نطنز ، دیده می شود . نام خطاطان اسدالله حسینی ، و محمد رضا امامی و اسکندر ابراهیم آبادی نطنزی ، و قربانعلی کریم پور نطنزی ، و میرزا عبداللطیف و محمد علی بن محمد سعید حسینی نطنزی ومیرزا عباس ( فرزند حاجی میرزا حسین نطنزی ) در کتیبه ی بنا آمده است . همچنین نام استادان حجار و کاشی کار و گچ بر بنا ، استاد حیدر و استاد حسین خراسانی و استاد مجدی و استاد حسن قصاع ، فرزند علی محمد نطنزی ، و حسن اسلامی نطنزی ، در کتیبه های محسد به چشم می خورد واقف و سازنده ی در چوبی ورودی شمالی مسجد استاد علاء الدین بن حسین نجار نطنزی بوده است .