استان پهناور یزد در مرکز ایران و حاشیه کویر مرکزی واقع شده است. این استان به علت قرار گرفتن در مرکز ایران و دوری از دریا، دارای شرایط اقلیمی ویژه‌ای است، وجود ارتفاعات زاگرس در غرب و البرز در شمال، مانع نفوذ رطوبت به آن شده، از طرفی مجاورت با کویر خشک و پهناور نمک، این استان را در ردیف آب و هوای خشک صحرایی قرار داده است. این مشکل تا حدودی با حفر قنات های فراوانی که در این استان به چشم می خورد، حل شده است .
گرچه بیشتر نقاط استان را از مین های پست تشکیل داده ولی ارتفاعاتی هم در این استان وجود دارد که بزرگ ترین آن رشته کوه شیرکوه در مرکز استان و جنوب غربی شهرستان یزد است. این رشته کوه، بخش هایی از شهرستان تفت و مهریز را در برگرفته و بلندترین قله آن 4055 متر ارتفاع دارد، بنابراین آبادی هایی مثل هنزا، طرزجان، سخوید، علی آباد و نصرآباد، دارای آب و هوایی کوهستانی و کاملاً متفاوت از دیگر مناطق استان است. جزاین، ارتفاعاتی موسوم به کوه های خرانق هم در شرق اردکان و شمال بخش خرانق واقع شده که نسبت به شیرکوه دارای وسعت و ارتفاع کمتری است. ارتفاعات دیگر استان نسبتاً کوتاه بوده و اهمیت چندانی ندارد .
پست ترین نقاط استان را مناطق شمالی شهرستان اردکان و جنوبی شهرستان طبس که با کویر مرکزی و لوت مستقیماً در ارتباط است، تشکیل می دهد. غیر از مناطقی که در داخل دو کویر بزرگ مرکزی و لوت واقع شده، کویرهای کوچکی هم در این استان پراکنده است که مهم ترین آنها، کویر در انجیر در شمال بافق، کویر ساغند در شرق‌آباد ساغند و کویر ابرکوه است که بخش شرقی این شهرستان را فرا گرفته است .
برخی از تواریخ از دریاچه ای موسوم به دریاچه ساوه در منطقه کویر مرکزی نام برده‌اند که هم زمان با ولادت پیامبر گرامی اسلام (ص) خشک شده و تدریجاً شرایط امروزی را پیدا کرده است. جعفری در تاریخ یزد درباره موقعیت آن نوشته که بیده و میبد و عقداً در کنار این دریاچه قرار داشته اند و با رجین میبد، بندر بوده است. این دریاچه تا همدان گسترده بوده و تجنت کوه در میان آن قرار داشته است .
استان یزد در حال حاضر دارای 125366 کیلومتر مربع وسعت است و شهرستان‌های یزد، صدوق ، میبد، اردکان، مهریز، بافق، ابرکوه، تفت و طبس را در برگرفته است. منطقه جغرافیایی که استان فعل یزد در آن واقع شده، در قدیم بخش‌هایی از ایالت فارس و کرمان را اشغال می کرده و از شمال نیز در محدوده کویر لوط قرار داشته است . لذا در قدیم این استان به صورت مستقل و در قالب یک ایالت اداره نمی شد.
شهرستان یزد، مرکز استان در جلگه ای مسطح و خشک بین کوه های شیرکوه و خرانق قرار دارد. این شهرستان همراه شهرستان صدوق با 7244 کیلومتر مربع مساحت در بخش غربی استان یزد واقع است. از تقسیم شهرستان یزد به دو شهرستان یزد و صدوق بیش از سه سال نمی گذرد و به علت یک پارچگی قبلی آن، هنوز هم بعضاً، صدوق را جزء یزد به حساب می آورند .
شهرستان یزد از یک بخش مرکزی و شهرستان صدوق از دو بخش اشکذر (مرکز شهرستان) و خضرآباد تشکیل شده است.
ابرکوه از دیگر شهرستان های استان است که برخلاف اسمش در دشت مسطحی قرار گرفته و در قسمت شرقی آن کویر ابر کوه واقع شده است. این شهرستان با 5345 کیلومتر مربع وسعت در جنوب شرقی استان قرار گرفته و در طول تاریخ آن چندین بار به یزد و فارس و اصفهان الحاق شده و جدا گردیده، در حال حاضر حدود دو دهه از ملحق شدن آن به استان یزد می گذرد.