زمین شناسی پزشکی" علمی است که به بررسی ارتباط بین عوامل زمین شناسی با سلامت انسان ها و جانوران و تأثیر عوامل زیست محیطی بر پراکندگی جغرافیایی بیماری های مرتبط می پردازد .
بنابراین زمین شناسی پزشکی موضوعی گسترده و پیچیده است که برای شناسایی، کاهش یا حل مشکلات موجود نیاز به ارتباط با رشته های مختلف علمی دارد .
فلزات و نافلزات اگر به مقادیر غیرطبیعی وارد بدن شوند منجر به بروز مشکلات قابل توجهی می گردند. گروهی از فلزات برای سلامتی ما سودمند و گروهی دیگر مضر هستند. فعالیت های انسانی (از هر نوع) باعث انتقال فلزات از جایگاه هایشان به مکان هایی می شود که در آینده برای سلامت انسان ها و جانوران مشکلاتی را به وجود خواهند آورند. این مشکلات در مکان هایی که بارندگی های اسیدی روند دسترس پذیری فلزات سنگین (مانند جیوه) و در نتیجه جذب آنها در زنجیره غذایی را تسهیل می کند، تشدید می شوند. به علاوه باران های اسیدی در این مکان ها باعث عدم دسترسی موجودات زنده به برخی از عناصر کم مقدار مانند سلنیم می شوند.
عناصر سمی موجود در خاک و سنگ حاصل واکنش های ژئوشیمیایی طبیعی یا فعالیت های انسانی هستند و معمولا بر سلامتی انسان اثر می گذارند؛ در واقع این عناصر از طریق غذا یا نوشیدنی وارد بدن می شوند. اگرچه در بسیاری از مناطق فقط از غذاهای محلی استفاده می شود ولی جوامع صنعتی مدرن اغلب خواهان غذاهای متنوعی هستند که در مناطق جغرافیایی مختلف تولید می شود. آب آشامیدنی معمولا به طور محلی تأمین می شود و عمدتا متأثر از ژئوشیمی محلی است. ورود بیش از اندازه برخی از ترکیبات غیرآلی به بدن از طریق آب های آشامیدنی باعث بروز مشکلاتی در برخی از کشورها شده است . از بیماری های جهانی مربوط به زمین شناسی پزشکی می توان به گواتر (کمبود ید) و بیماریهای مربوط به فزونی یا کمبود عناصری خاص مانند فلورین یا سلنیم اشاره کرد. بیماریهای قلبی-عروقی مرتبط با سختی آب (متأثر از محیط های جغرافیایی) نیز یکی دیگر از موضوعات زمین شناسی پزشکی است .
بسیاری از سنگ ها دارای سطوح بالای اورانیوم هستند مانند شیل های زاجی، گرانیت های خاص و پگماتیت ها. تنفس یا بلع مقادیر غیر عادی گاز رادیواکتیو رادون که از منابع طبیعی رادیواکتیو در چنین سنگ هایی ایجاد می شود، خطری مهم برای سلامت عموم محسوب می شود. آمار سرطان های ریه ناشی از رادون رو به افزایش است. مطالعات اخیر نشان داده است که نوشیدن آب مملو از رادون خطرات قابل توجهی را برای انسان ها به خصوص گروه های خاص مانند کودکان و افراد سالخورده به وجود می آورد. میزان رادون موجود در آب مستقیما به شرایط جغرافیایی محلی مرتبط می شود .
با توجه به کمبود برخی از عناصر( روی، آهن، ید و …)، بالابودن سطوح رادیواکتییته طبیعی(رادون) در برخی نقاط شمالی کشور، معضلات بهداشتی در دام ها ناشی از کمبود مس در برخی نقاط کشور، وجود آنومالی های ژئوشیمیایی در بسیاری از نقاط کشور و … انجام مطالعات زمین شناسی پزشکی در ایران ضروری به نظر می رسد .
پایگاه ملی داده های علوم زمین کشور با هدف ارتقا این موضوع در میان متخصصین زمین شناسی، پزشکی، بهداشت و عموم مردم، مجموعه مطالعات سامان یافته ای را پیرامون تدوین بانک اطلاعاتی، گردآوری و اطلاع رسانی این موضوع در ایران و سایر نقاط جهان در دست انجام دارد.