مسلم است که خاموش شدن چراغ علم در هر جامعه ای یکی از دلایل اصلی عقب ماندگیش است. در ایران نیز به مدت چند قرن تمام فعالیتهایی که در وادی علوم طبیعی بود تعطیل شد. در پایان قرون وسطی در اروپا و تغییر بینش مردم و پیدایش انقلاب صنعتی کوچکترین اثری از تحول در ایران نبود. سرانجام پس از چند قرن غفلت عباس میرزا در طی جنگی با امپراطوری روس دریافت پیروزی در جنگ مستلزم تسلیحات و علوم مدرن است و امیرکبیر نیز با ساخت دارالفنون راه او را ادامه داد. البته جز ایران بسیاری از کشورها در این وضعیت بسر می برندند اما ایران در مقطعی از تاریخ مهد علم بوده است و در ادوار بعد علوم متروک گردیده اند و این باعث تعجب است. غالباً درباره دوره دوم توضیحاتی کلیشه ای و کلی داده می شود که بالندگی مسلمین به تدریج رو به انحطاط نهاد و دیگر گرفته نمی شود که چرا اینطور شد؟ یک پاسخ متداول اما سطحی این است که مسلمانان از اسلام اصیل دور شدند و لاجرم به انحراف افتند به لحاظ سیاسی دچار تفرقه شدند و به لحاظ اجتماعی سروریشان را از دست دادند. مشکل این پاسخ این است که مراد از انحراف حکام است یا مسلمین یا هر دو و زمان انحراف نیز مشخص نیست.
اگر مقصود از انحراف حکامی باشد (بجز حضرت علی ) که امت اسلام نیز همواره خودشان به تباهی کشاندند نیز مشکل حل نمی شود زیرا مقطعی که دانشمندان مسلمان در هر زمینه ای فعال بودند به نام عمر طلایی رونق علمی اسلام درست در زمان همین انحراف (خلافت بنی عباس) حاکم بود. بعبارتی در مقطعی مسلمانان پیشرو علوم زمانه بودند و در مقطع دیگر علوم در همان اجتماع منسوخ بود. این نشان می دهد که حرف مسلمان بودن باعث پیشرفت یا رکود علمی نمی شود بلکه این مسلمانان هستند که اسباب تربیتی یا انحطاط جامعه شان را فراهم می آوردند. اما بنظر می رسد این توضیح برای ایرانیان اواخر قرن 19 واضح نبوده است چون آنان فقدان علم در ایران را نتیجه هجوم اعراب به ایران می دانند. بماد که امروزه هم افرادی چنین نظری دارند و اسلام را مانع ترقی علم می دانند. استدلال متداول دیگر در این مورد هجوم مغولان است که نه تنها باعث از بین رفتن دانشمندان شد بلکه با نابود کردن مدارس، کتابخانه ها و… نهادهای علمی مسلمانان را ریشه کن کرد. اگر مسئله به همین سادگی باشد جایی برای تحقیق باقی نمی ماند. اما مشکل اینجاست که این خاموشی از یکی دو قرن قبل از هجوم آنان شروع شده بود و تردیدی نیست که با حمله آنان این روند تسریع یافت اما نکته اساسی این است که آنان این افول را بوجود نیاورده‌اند. در واقع فقدان فعالیتهای علمی در عصر بعد از حمله مغول بیانگر واقعیت جمود علمی در ایران قبل از حمله مغول است. استدلالهایی چون استدلال مرحوم حائری، دکتر مهدی فرشاد و دکتر ذبیح الله صفا و بیل کندی مسلمانان را بوجود آمدن تضاد فکری میان فلاسفه و سنت گرایان مذهبی می دانند. از آنجا که اساس فلصفه، اندیشه و لاجرم تعقل می باشد که ممکن است با باورهای دینی سازگار نباشد- تعقل نیز مورد هجوم قرار گرفته و مطرود شده است. دکتر حائری ظاهر شدن این روند را همزمان با روی کار آمدن سلاحته می داند اما فی الواقع خردستیزی در حدود دو قرن قبل از ظهور در ایران در بغداد آغاز شده بود و در واقع سلاحته نه مبدأ که ادامه دهنده این مسیر بوده اند. پس در پاسخ به سؤال چرایی خاموش شدن چراغ علم چاره ای نیست جز اینکه ایران را در مجموعه امپراطوری اسلامی قرار دهیم