سمرقند و بخارا، از شهرهای هویت‌دار و حادثه‌ساز شرق اسلامی‌اند که در درازنای تاریخ برجسته خود فراز و نشیبهای گوناگون را پیموده و تاریخ و ادب از آنها به افتخار یاد کرده‌اند. این دو شهر بزرگ از مهم‌ترین شهرهای ماوراءالنهر به شمار می‌روند که همواره با اسطوره‌ها و تاریخ ایران همراه بوده و شاعران، عالمان و دانش‌مندان نام‌دار پارسی‌زبان فراوانی در دامان خود پروردهاند.
بی‌گمان، شناخت بهتر و روشن‌تر ویژگی‌های طبیعی و جغرافیایی و پیشینه تاریخی این شهرها، زمینه درک بهتر دگرگونی‌های سیاسی اجتماعی و اقتصادی آنها را فراهم خواهد آورد. این پژوهش با ارزیابی جغرافیای تاریخی سمرقند و بخارا، اهمیت سیاسی، فرهنگی و تاریخی آنها را برمی‌رسد.
اگر آن ترک شیرازی به دست آرد دل ما را
به خال هندویش بخشم سمرقند و بخارا را
سمرقند و بخارا، دو شهر بزرگ ماوراءالنهر بودند. سرزمین ماوراءالنهر که میان رودهای جیحون و سیحون قرار داشت در نقشه جغرافیای سیاسی امروز، آسیای مرکزی خوانده می‌شود. این دو شهر در تقسیم‌بندی جغرافیایی، بخشی از ایالت سغد به شمار می‌آمدند. ایالت سغد (سغدیانای باستانی)، سرزمینی خرم و حاصل‌خیز میان آن دو رود و مهم‌ترین ایالت ماوراءالنهر بود و به باور بسیاری از جغرافی‌دانان، از جنّات اربعه و از زیباترین و مصفاترین جاهای دنیا شمرده می‌شد
این دو شهر در گذشته پاره‌ای از سرزمین گسترده ایران به شمار می‌رفتند و هم‌بستگی فرهنگی و تاریخی آنهارا با ایران نمی‌توان انکار کرد. گرچه آن سامان بیش از یک قرن پیش از حوزه اقتدار سیاسی ایران بیرون رفته، پیوندهای فرهنگی و تاریخی مردمانش با ایرانیان برجای مانده است. این پیوند تنگاتنگ تاریخی و جغرافیایی، ضرورت سامان‌دهی پژوهشی مستقل را در این‌باره اثبات می‌کند. این نوشتار، به نقل از منبع‌های معتبر و آثار جغرافی‌دانان پیشین، از وجه تسمیه، پیشینه و اهمیت تاریخی و فرهنگی و توابع و نواحی سمرقند و بخارا گزارش می‌دهد.
بخارا
این شهر از آبادترین و مهم‌ترین شهرهای ماوراءالنهر شمرده می‌شد؛ به‌گونه‌ای که هنگام فتوحات اعراب، اهمیت سیاسی و اقتصادی‌اش بیش از دیگر شهرهای این سرزمین و در عصر اسلامی سال‌ها «دار الاماره» بود و همین ویژگی موجب شد که جایگاه تاریخی خود را نگاه دارد.
هرچند بیش‌تر شهرهای ماوراءالنهر با آمدن اسلام رشد کردند، هیچ‌یک از آنها به عظمت و اهمیت بخارا نرسیدند. پیدایی مدرسه‌ها و مراکز علمی در بخارا، آن را به اوج برتری رساند و از این‌رو، در دوره تاریخی ویژه‌ای «قبه الاسلام» خوانده و به زادگاه فرهنگ و تمدّن ایرانی اسلامی بدل شد
الف) وجه تسمیه
منابع تاریخی و جغرافیایی گذشته به نام‌های گوناگونی از بخارا یاد کرده و هر یک از مورخان و جغرافی‌دانان، درباره وجه تسمیه آن چیزی گفته‌اند. برای نمونه، برخی از این منابع نام اصلی بخارا را «بُومجکَث » یا «نُمُوجکَث »، «لمجکت » و «ُبمجکَت » می‌دانند. بمجکت بر پایه بررسی نقشه‌های اسلامی دوران گذشته، به ارگ گفته می‌شده است . برخی از تاریخ‌دانان بمجکت را مرکز بخارا خوانده‌اند . چینیان در قرن پنجم پیش از میلاد، این شهر را «نومی» می‌خواندند. شاید این نام شکل مخفف نومجکث باشد. یاقوت حموی، جغرافی‌دان بزرگ اسلامی در این باره می‌نویسد: «وجه تسمیه این شهر (بخارا) را هرچند تجسس کردم، نیافتم ». تاریخ بخارا و آثارالبلاد با استناد به حدیثی از درباره این شهر، نام اصلی آن را «فاخره» دانسته‌اند که در گذر زمان6پیامبر به بخارا بدل گشته است . یاقوت حموی نیز در این‌باره می‌گوید که ایوب پیامبر به بخارا رسید و اهل بخارا از او به خوبی پذیرایی کردند و او نیز در حق مردمان این شهر دعایی کرد و از این‌رو، این شهر به فاخره ملقب شد .
برخی از محققان نیز برآنند که ریشه بخارا، واژه بودایی ویهارا (Vihara) است . این واژه سانسکریتی به دیرهای بودایی گفته می‌شد و بخارا به دلیل وجود دیرهای بودایی فراوانش چنین نام گرفت. گمان می‌رود که این نظریه به حقیقت نزدیک‌تر باشد .
عطاملک جوینی نیز در وجه تسمیه بخارا می‌نویسد:
... و اشتقاق بخارا از بخار است که به لغت مغان، مجمع علم باشد و این لفظ به لغت بت‌پرستان اُیغُور و خُتای نزدیک است که معابد ایشان را که موضع بتان است، بخار گویند .
صاحب برهان قاطع نیز درباره واژه بخارا می‌گوید:
شهری است مشهور از ماوراءالنهر و مشتق از بخارست؛ به معنی بسیار علم و چون در آن شهر علما و فضلا بسیار بوده‌اند، بنابراین بدین نام موسوم شده است .
گسترده‌ترین سخنان درباره نام‌های این شهر، در تاریخ بخارا گنجیده است. نویسنده این کتاب نیز در بخش «اسامی بخارا» می‌نویسد:
احمد بن‌محمد بن‌نصر می‌گوید که نام‌های بخارا بسیار زیاد است و در کتاب خویش نیمجکت آورده است و باز در جای دیگر دیدم بومسکت آورده است و به جای دیگر به تازی نبشته است. مدینه الصفریه؛ یعنی شارستان روئین و به جای دیگر به تازی مدینه التجار؛ یعنی شهر بازرگانان و نام بخارا از آن همه معروف‌تر است و هیچ شهر خراسان را چندین نام نیست و به حدیثی نام بخارا فاخره آمده است .
ب) پیشینه تاریخی
بخارا پیشینه تاریخی بسیار کهنی دارد و از نخستین منطقه‌هایی است که قوم‌های بیابان‌گرد آن سوی جیحون در آن‌جا ماندند و یک‌جانشینی را آغاز کردند. دانسته‌های اندک و ناچیزی درباره تاریخ این شهر پیش از اسلام یافت می‌شود. هنوز جاهای مانده از عصر حجر قدیم در واحه بخارا کشف نشده است، اما این مسئله بر نبودن انسان در این سرزمین در این دوره دلالت نمی‌کند؛ زیرا چیزهایی از عصر مفرغ در این ناحیه به دست آمده است. برای یافتن «مساکن قدیم» در آن‌جا، حفاری‌های بسیار عمیقی باید صورت پذیرد که با توجه به قرار داشتن آنها در زیر واحه‌های مشروب، این کار به سختی سامان می‌یابد. به هر روی، محققان بخارا را از هزاره‌های پیش از میلاد (دوران پیش از تاریخ) مسکونی می‌دانند
برخی از خاورشناسان مانند بارتولد تأکید می‌کنند که بخارا به‌رغم بسیاری از شهرهای این منطقه، همواره در همین جای کنونی بوده و بر اثر گذشت زمان، مکانش تغییر نیافته است . بر پایه گفته برخی از محققان پیشین‌تر از او، نام بخارا در منبع تاریخی سفرنامه هیسوآن‌تسانگ (630 م)، جهان‌گرد بودایی‌مذهب چینی آمده ، اما اوستا که منبعی کهن درباره شهرهای باستانی شمرده می‌شود، نامی از آن نیاورده و تنها از ایالت سغد نام برده است. داستان‌های اسطوره‌ای، بخارا را از شهرهای مهم این دوران خوانده‌اند.
گرچه ناحیه ماوراءالنهر از دوران هخامنشیان (330-559 ق.م) به صحنه تاریخ آمده، نام واحه بخارا نه در کتیبه بیستون گنجیده و نه هردوت از آن یاد کرده است. البته مدارک و آثار فراوانی در این روزگار درباره اقتدار حکومت هخامنشیان (ساتراپ سغدیانا) در آن‌جا وجود دارد. بر پایه منابع تاریخی، اسکندر و جانشینان وی (250-330 ق.م ) نیز سال‌ها بر بخارا حکم راندند و آن را به فرمان‌پذیری سیاسی خود واداشتند .
کتیبه‌های بودایی که باستان‌شناسان کشفشان کرده‌اند نیز از فراگیری قدرت کوشانیان در بخارا حکایت می‌کند. کهن‌ترین آثار مربوط به سکونت انسان در ناحیه بخارا نیز تا کنون از همین دوره بوده و گرچه بخارا از گذشته پیشینه فرهنگی و اقتصادی داشته، از اواخر قرن پنجم میلادی رونق یافته و به یکی از شهرهای مهم منطقه بدل شده است؛ هنگامی که هفتالیان (450-563 م) به این ناحیه دست یافتند. بخارا در آن روزگار نومجکث خوانده می‌شد. هفتالیان بر واحه بخارا و بخش گسترده حوزه جغرافیایی فرهنگی شرق ایران حکم راندند. ترکان نیز چندی (اواسط قرن ششم میلادی) واحه بخارا
را به قلمرو خود پیوستند، اما قدرت واقعی این سرزمین در دست حکم‌رانان محلی (بخاراخداه ) بود.
بخارخداه‌‌ها تا دوره اسلامی حکومت کردند و تسلط عربان نیز بر بخارا مانند تسلط ترکان بود؛ یعنی آنان نیز به همت فرمانروایان محلی (بخاراخداه‌‌ها) بر این سرزمین
حکم راندند . بخارا پس از ورود اسلام به این منطقه به یکی از مهم‌ترین مراکز تمدن اسلام بدل شد. این سرزمین در روزگار حکومت سامانیان (3-4ه / 279-389 ق)
به اوج رونق خود رسید و در آن زمان، پایتخت قلمرو سامانیان به شمار رفت. بخارا
تا زمان مغولان، شکوه و عظمتش را نگاه داشت، اما پس از فتنه مغول (616 ق)، این شهر و بخش مهمی از آثار بزرگ آن و هزاران جلد از کتاب‌های دانش‌مندان ایرانی نیز طعمه غارت و چپاول چنگیز و یاران او و در آتش جهل و کینه مغولان خاکستر شد و یک قرن در خرابی و نکبت ماند. سفرنامه ابن‌بطوطه، سیاح معروف رومی که در قرن هشتم از بخارا گذشت، این سخن را تأیید می‌کند . بخارا در این یک قرن به شهری متروک و بدون فعالیت بدل شد، اما پادشاهان تیموری پس از قدرت یافتن (771-916 ق) و برگزیدن سمرقند به پایتختی سلسله خود، به دلیل همسایگی این شهر با سمرقند،
بدان توجه کردند. بخارا در روزگار آنان، دومین شهر و مرکز بازرگانی منطقه شد و به آبادانی روی نهاد. البته بخارا هیچ‌گاه آن شکوه پیشین را باز نیافت و چهره شکسته‌اش بهبود نیافت .