با شروع جنگ تحمیلی (31 شهریور 1359) و حملات گسترده صدام به مناطق مرزی و جنوب و غرب ایران، مقاومت مردم و نیروهای رزمنده مانع پیش روی نیروهای عراقی شد. رژیم بعث عراق برای در هم شکستن مقاومت مردم و نیروهای رزمنده از سلاحهای نوین و ممنوعه استفاده کرد. با شدت گرفتن کاربرد سلاحهای شیمیایی از سوی رژیم بعث عراق، مسئولین نظامی ایران برای مقابله با آن، دست به آموزش نیروهای رزمنده و تشکیل واحدهای تخصصی در هر گردان زدند. پس از کودتای 1958 و با روی کار آمدن حزب بعث عراق، ارتش این کشور به لحاظ اینکه وابسته به اروپای شرقی بود از همان ابتدا به واحدی به نام «جنگهای شیمیایی» مجهز بود. اما ارتش ایران با وجود اینکه مجهز به سیستم نظامی غربی و آمریکایی بود به لحاظ اینکه تجربه ای در مورد این نوع سلاحها نداشت تنها دارای یک تشکیلات محدود شیمیایی بود. اصطلاح « ش.م.ه» مخفف سه واژه شیمیایی، میکروبی و هسته ای است که پیش از جنگ این واحد در ارتش به صورت بسیار محدود حضور داشت اما با شدت گرفتن حملات شیمیایی عراق در طول جنگ تحمیلی، سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، سازمانی را در سال 61 به نام «ش. م.ر» که مخفف کلمات شیمیایی، میکروبی و رادیو اکتیو می باشد، راه اندازی کرد.
ارتش عراق به لحاظ اینکه وابسته به اروپای شرقی بود از همان ابتدا به واحدی به نام «جنگهای شیمیایی» مجهز بود
رژیم بعث عراق تا پیش از عملیات والفجر 2 از این سلاحها به صورت محدود و آزمایشی استفاده می کرد اما بعد از اینکه عراق در تاریخ 29 تیر 61 در عملیات والفجر 2 از این سلاحها در منطقه پیرانشهر(پادگان حاج عمران عراق و در برخی ارتفاعات جبهه های غربی)، علیه مرزنشینان کرد استفاده نمود، سازمان رزم سپاه برای مقابله با این نوع سلاحها به پدافند «ش. م. ر » مجهز شد. سپاه شروع به تهیه تجهیزات برای نیروهایش کرد و در هر لشکری یک واحد، و در هر قرارگاهی یک گردان پدافند شیمیایی تشکیل شد و به مرور با گسترش حجم بکارگیری سلاحهای شیمیایی عراق، این واحدها به تیپ گسترش یافت. نخستین گزارش غیر رسمی استفاده عراق از این سلاحها در 14/7/59 در مرز شلمچه با عامل خردل عنوان شده است و اولین گزارش رسمی که بتوان به آن استناد نمود بمباران هوایی جبهه مهران در تاریخ 20/10/59 با عامل اعصاب است که 40 مصدوم و 10 شهید بر جای گذاشت.
سردار محمد باقر نیکخواه از جمله افرادی است که از ابتدای تشکیل سپاه پاسداران و از روزهای نخست جنگ تحمیلی در بخشهای مختلف به خصوص ستاد تبلیغات جنگ فعالیت داشته و پس از آن از اولین افرادی است که با تشکیل واحد« ش. م. ر» در سپاه وارد این بخش می شود و بسیاری از اطلاعات مربوط به کاربرد عراق از سلاحهای شیمیایی در 8 سال جنگ تحمیلی را در سینه دارد.
وی در گفتگو با خبرنگار گروه دفاع مقدس خبرگزاری مهر در خصوص چگونگی حضور خود در جبهه های جنگ خاطر نشان کرد : " قبل از جنگ دانشجوی علوم سیاسی بودم که با شروع انقلاب فرهنگی دانشگاه تعطیل شد و با آغاز جنگ به همراه دیگر دوستان خود در قسمت تبلیغات جنگ وارد شدم و چون در آن شرایط سخت و خاص به جوانان اعتماد کردند بنده را مسئول تبلیغات جبهه و جنگ جنوب قرار دادند که پس از آن نیز به ترتیب مسئولیت تبلیغات جنگ خوزستان، قرارگاه کربلا و قرارگاه خاتم الانبیاء(ص) را تا عملیات فاو بر عهده داشتم. از عملیات فاو به بعد به دلیل گستردگی حجم استفاده عراق از سلاحهای شیمیایی بنده مسئول جنگ های نوین شدم ".