در موارد ذیل مجازات محکوم علیه ساقط میشود:
الف) فوت محکوم علیه
اقتضای اصل شخصی بودن مجازات این است که با مرگ متهم اجرای مجازات متوقف شود. قاعدۀ سقوط مجازات با فوت محکوم علیه شامل مجازات‌های حدود، تعزیرات و بازدارنده میشود و علت اینکه دیات و قصاص از شمول قاعده خارج شدهاند، این است که دیه و قصاص (اگر مصالحه به دیه شود) در صورتی که متهم فوت کند، از اصل ما ترک وی حساب شده و پرداخت میشود و در قتل خطای محض، از خویشاوندان نزدیک او (عاقله) اخذ میشود.
البته فوت متهم تأثیری بر بعضی از اقدامات تأمینی مانند: ضبط اشیای خطرناک که وسیلۀ جرم بوده و یا در اثر جرم به دست آمده است، ندارد و دادگاه باید این اشیاء را از دسترس دور نگه دارد.
ب) گذشت متضرر از جرم
یعنی اینکه شاکی یا مجنی علیه از تعقیب متهم و یا مجازات او چشم‌پوشی کند. با گذشت متضرر از جرم اجرای مجازات در همه حال ساقط نمی‌شود؛ بلکه گذشت، هنگامی مؤثر است که جرم از جرایم قابل گذشت باشد؛ یعنی جرم‌هایی که تعقیب کیفری آن‌ها متوقف بر مطالبه خصوصی باشد. در نظام کیفری اسلامی شیوه شناخت قابل گذشت بودن، حق الله و حق الناس بودن آن است. لذا هر گاه جرم از حقوق‌الناس باشد، قابل گذشت است و در غیر این صورت قابل گذشت نخواهد بود.
البته گذشت متضرر از جرم وقتی پذیرفته میشود که دارای چند شرط باشد:
1) اهلیت: گذشت متضرر از جرم حق محسوب میشود و صاحب حق درصورتی می‌تواند حق خود را استیفاء کند که اهلیت داشته باشد، پس گذشت شخص صغیر یا مجنون پذیرفته نیست علاوه بر آن، حق گذشت به ورثه منتقل میشود و فقط با گذشت همگی وراث اجرای مجازات ساقط میگردد.
2) منجز بودن گذشت: گذشت متضرر از جرم نباید معلق باشد در غیر این صورت فاقد اثر خواهد بود.
3) بقاء گذشت: متضرر از جرم، بعد از گذشت – هر چند شفاهی – اگر بخواهد عدول کند، پذیرفته نمی‌شود و شکایت مجدد او مسموع نخواهد بود.
اگر گذشت شاکی فقط از حق کیفری باشد بعداً حق مطالبه ضرر و زیان ناشی از جرم را خواهد داشت و اگر اعلام گذشت، مطلق باشد؛ حق مطالبه ضرر و زیان را هم نخواهد داشت.
ج)عفو عمومی
که به موجب قانون مقرر میگردد و موضوع آن افعال مجرمانۀ گروهی از بزهکاران است؛ بدون آنکه شخصیت آنان در نظر گرفته شود. که با تصویب قوه مقننه برخی از جرایم مورد عفو قرار می‌گیرد.
شرط اصلی، آن است که ارتکاب جرم پیش از تصویب قانون عفو عمومی بوده باشد و این عفو نسبت به آینده اثری ندارد. از آنجا که عفو عمومی از قواعد مربوط به نظم عمومی است. در نتیجه، ذی‌نفع نمی‌تواند از قبول آن امتناع کند؛ به این معنی که اگر متهم است، فرضاً برای اثبات بی‌گناهی خود تقاضای تعقیب و رسیدگی به اتهام خود را از مرجع قضایی بنماید و یا اگر محکوم است، خواهان تحمل مجازات باشد.
استثناءات عفو عمومی
1) عفو عمومی شامل اقدامات تأمینی و تربیتی نمی‌شود و این اقدامات همچنان به قوت خود باقی هستند.
2) عفو عمومی شامل محکومیت‌های انتظامی که منشأ آن رفتار مجرمانه است،
نمی‌شود.
3) عفو عمومی شامل دیه نمی‌شود و در هر حال باید پرداخت شود.
4) عفو عمومی تأثیری در حقوق زیان دیدگان از جرم ندارد و مطالبۀ ضرر و زیان توسط اشخاص متضرر از جرم در هر حال جایز است.
د) عفو خصوصی
تصمیماتی که به ابتکار و با پیشنهاد قوه قضائیه و موافقت عالی‌ترین مقام اجرایی کشور یعنی رهبری گرفته میشود و به موجب آن تمام یا قسمتی از مجازات محکومان بخشیده و یا به مجازات خفیف‌تری تبدیل میشود.
عفو خصوصی شامل تمام مجازات‌های تعزیری و بازدارنده – و نیز در مجازات حد که پس از توبه از ولّی امر تقاضای عفو میشود- هم‌چنین تمام مجازاتها اعم از اصلی، تتمیمی و تبعی که از دادگاه‌های عمومی، انقلاب و دادگاه‌های اختصاصی (دادگاه ویژه روحانیت، دادگاه نظامی) صادر شده است، را شامل میشود. البته در مورد مجازات‌های تتمیمی و تبعی باید در فرمان عفو، تصریح به عفو بشود.