اصل تفکیک قوا به عنوان بهترین شیوه در تشکیلات نظامهای سیاسى معاصر پذیرفته شده است و بر اساس آن وظایف و اختیارات حکومت در سه ارکان و تشکیلات سیاسى (« قانون گذارى » و «اجرایی» و «قضایی») تقسیم بندى و قدرت و حاکمیت دولت از کانال این سه قوه اعمال گردیده است. هدف از نظام سه قوهاى در تشکیلات حکومت، ایجاد تعادل و توازن قوا و جلوگیرى از تمرکز قدرت و فراهم آوردن زمینه اعمال همه اختیارات و اقتدارات دولت بوده است. اکنون با توجه به این شیوه مقبول جهان معاصر سؤالى که مطرح مىشود این است که در نظام سیاسى اسلام تشکیلات حکومت اسلامى بر پایه چه نوع قوا و بر اساس چه نوع ارتباط خاص فیمابین خواهد بود؟ در پاسخ به این سؤال مىتوان شیوههایی را که قابل پیش بینى و یا حداقل محتمل است به این ترتیب مطرح نمود:
1- با توجه به اختیاراتى که فقیه و قاضى جامع الشرایط در نظام اسلامى دارد و تشخیص و اعلام قانون بر عهده فقیه جامع الشرایط بوده و قضاوت حق اختصاصى وى شناخته شده است، قوه مقننه و قوه قضاییه را مرکب از فقهاى واجد شرایط و منتخب مردم و یا منتخب خبرگان منتخب مردم دانست، و قوه مجریه را با انتخابات عمومى در اختیار منتخب مردم (اعم از فقیه و غیر فقیه) قرار داد که زیر نظر فقیه منتخب فقهاى قوه مقننه و یا با نظارت فقیه منتخب فقهاى دو قوه مقننه و قضاییه و یا با نظارت فقیه منتخب خبرگان، وظایف قوه مجریه را انجام دهد. در این طرح با مشارکت فقها در دو قوه مقننه و قضاییه و نظارت فقیه بر قوه مجریه همسو بودن و مطابقت خواست مردم با موازین اسلامى و یکپارچه شدن حاکمیت ملى با ولایت فقیه تحقق مىبخشد بدون آنکه به نهادى غیر از قواى سه گانه نیازى وجود داشته باشد. و در حقیقت رهبرى و امامت بطور مستقیم از درون دستگاه قضایی منتخب مردم و قوه مقننه متکى به آراء ملت و با نظارت فقیه بر قوه اجراییه جریان مىیابد و مسیله اختلاف نظر فقها هم در این میان حل مىشود. و بدین ترتیب مشکل بزرگ اختلاف فقهاى واجد شرایط با رهبرى کلى نظام سیاسى توسط یک فقیه منتخب از میان برداشته مىشود.
2- قوه قضاییه که بدون قاضى فقیه واجد شرایط مشروعیت ندارد توسط فقهاى منتخب مردم و یا فقهاى منتخب خبرگان منتخب مردم و یا فقهاى منتخب قوه مقننه اداره مىشود و دو قوه دیگر یعنى مقننه و مجریه توسط منتخبین مردم با نظارت فقیه واجد شرایط منتخب مردم و یا فقهاى واجد شرایطى که توسط مردم برگزیده شدهاند، تشکیل و وظایف قانونى خود را عمل مىکنند و در مورد قوه مجریه مىتوان فقیه منتخب خبرگان را براى نظارت بر آن قوه پیشنهاد نمود . در این طرح ضمن اینکه نظارت فقیه بدون نیاز به تشکیل نهادى خارج از سه قوه تأمین مىگردد، قوه مقننه بیشتر در قلمرو حاکمیت ملى قرار مىگیرد، ولى نقطه منفى آن در مقایسه با طرح اول در این است که در طرح دوم قوه قضاییه در یک صورت با قوه مقننه تداخل و اختلاط پیدا مىکند و اصل تفکیک و استقلال قوا خدشه پذیر مىگردد، ولى در مورد قوه مجریه تفاوتى بین دو طرح وجود ندارد و به همین دلیل خدشه پذیرى اصل تفکیک و استقلال قوا در این مورد نسبت به برخى از احتمالات آن مشترک است.
3- با حفظ فرض احتمالات صورت اول، قوه مجریه در اختیار فرد منتخب مردم بدون نظارت فقها قرار گیرد و اصل آزادى و احترام به آراء عمومى و اعمال حاکمیت ملى در قلمرو اجرا در حد اعلا، مراعات گردد و فقها صرفا در جریان دستگاه قانونگذارى با استناد به رأى مردم طبق موازین اسلامى قوانین اسلامى را تصویب و در قوه قضاییه طبق احکام قضایی اسلام دادرسى نمایند.
4- قوه مقننه و قوه قضاییه توسط فقهاى منتخب مردم، و قوه اجرایی توسط فرد منتخب مردم با نظارت دو قوه مقننه و قضاییه، حاکمیت ملى را اعمال نمایند.
در این طرح گرچه استقلال قوه مجریه نقض شده و با نظارت دو قوه مقننه و قضاییه نوعى تمرکز قدرت اعمال گردیده ولى با این تکنیک دو اشکال بزرگ برطرف شده: نخست با توجه به زمینههاى سوء استفاده از قدرت که معمولا در قوه مجریه وجود دارد، چنین خطرى دفع شده، و دوم اینکه قدرت اجرایی نوعى حاکمیت بر مردم است که قطع نظر از مردمى و منتخب مردم بودن باید از مشروعیت الهى و مکتبى نیز برخوردار باشد و از اینرو با نظارت فقهاى منتخب مردم در قوه مقننه و قضاییه این اشکال نیز برطرف مىگردد.
5- هر سه قوه توسط آراء مردم با انتخاب عمومى تشکیل و اعمال حاکمیت ملى را بر عهده مىگیرند، و نمایندگان مجلس و نیز رییس قوه مجریه و همچنین عالیترین مقام قضایی و یا اعضاى شوراى عالى قضایی توسط مردم انتخاب مىشوند، و فقیه جامع الشرایط منتخب اکثریت قاطع ملت و یا منتخب خبرگان و یا شوراى رهبرى منتخب مردم یا خبرگان، نظارت شرعى بر اعمال حاکمیت سه قوه را بر عهده مىگیرد، و نظارت رهبرى بر قوه مقننه توسط شوراى فتوا و در مورد قوه قضاییه و مجریه توسط شوراى بازرسى انجام مىگیرد و اعضاى هر دو شورا را مقام رهبرى تعیین مىکند. در این طرح نهاد امامت و رهبرى به طور جداگانه و مستقل از قواى سه گانه و همچنین هر سه قوه مستقل فرض شده و قوه قضاییه نیز چون قوه مقننه و قوه مجریه مظهر کامل حاکمیت ملى است و مقام مسیول آن توسط مردم با انتخابات عمومى برگزیده مىشود.