ام با اینکه در جریان این نهضت ها بر نقش روحانیت تأکید گسترده دارد، در مواردی به نقاط ضعف آنان و نیز شکستهایی‌که نصیب آنان شده اشاره فرموده است:
«البته گاهی مثل همان قضیه میرزای شیرازی که همه ایران با هم تبعیت کرده‌اند پیروز بوده‌اند و گاهی هم شکست می‌خوردند.»
تکیه بر این موارد برای عبرت آموزی روحانیت مطرح گردیده به طوری که با علت‌یابی این شکستها این بار در جریان انقلاب اسلامی‌بیشتر مراقب رفتار سایر چهره‌های فکری شریک در انقلاب باشند.
در جریان مشروطه، جدای از نقشی که سیاست خارجی و یا عناصر وابسته به دربار در جریانات داشتند دو قشر روحانی و منورالفکرکار اصلی را بر دوش داشتند. نقش روحانیت در پیدایش جنبش و نیز آرمان دفاع از مردم استوار بود اما منورالفکران در باروری فکری‌مشروطه از زاویه ترویج فکر غرب تلاش می‌کردند و طبعاً در این مسیر نمی‌توانستند هماهنگی با فکر دینی و نماینده آن روحانیت‌داشته باشند.
در جنبش مشروطیت همین علما در رأس بودند اصل مشروطیت اساسش از نجف به دست علما و در ایران به دست علما شروع شد و پیش رفت این قدر که آنها می‌خواستند که مشروطه تحقق پیدا کند و قانون اساسی در کار باشد شد، لیکن بعد از آنکه شد، دنباله‌اش گرفته نشد. مردم بی‌طرف بودند روحانیون هم رفتند هر کس سراغ کار خودش.
ضعفی که برخی از چهره‌های روحانی از خود بروز دادند این بود که فریب برخی از رفتارهای روشنفکران را خورده و همراه با آنان وبرای پیروزی فکر آنها تا جایی پیش رفتند که عاقبت خود را شکست خورده یافتند. امام در این باره می‌فرماید:
«از اول که مشروطه را اینها درست کردند این شیاطین که متوجه مسایل بودند روحانیون و مؤمنینی که تبع آنها بودند بازی دادند اینهارا، خدعه کردند، متمم قانون اساسی را قبول کردند و اینها، لیکن وقت عمل، عمل نکردند به متمم قانون اساسی یعنی پنج نفرمجتهد در مجلس نیاوردند.»
کار متمم قانون اساسی در باره نظارت مجتهدین از آنِ شیخ شهید نوری بود که بعد از این، از آن سخن خواهیم گفت. در واقع آنچه‌مسلم است اینکه شیخ شهید نوری این خدعه را نخورد اما دیگران دیر متوجه قضیه شدند گرچه هم شیخ و هم سید عبدالله به‌دست همان مشروطه خواهان از صحنه خارج شدند. در این باره امام می‌فرماید:
«ببینید چه جمعیت‌هایی هستند که روحانیین را می‌خواهند کنار بگذارند همان طوری که در صدر مشروطه با روحانی این کار راکردند و اینها زدند و کشتند و ترور کردند همان نقشه است. آن وقت ترور کردند سید عبدالله بهبهانی را، کشتند مرحوم نوری را، و مسیر ملت را از آن راهی که بود برگرداندند به یک مسیر دیگر و همان نقشه الان هست که مطهری را می‌کشند فردا هم شاید من و پسفردا هم یکی دیگر را.»
ما نظیر همین تجربه را در مقطع دیگری از تاریخ خود یعنی نهضت ملی شدن نفت شاهد بودیم. تجربه‌ای که نشان داد روحانیتی که‌نقش تعیین کننده‌ای در تعمیق این نهضت داشت چگونه توسط منورالفکران به کناری نهاده شده و حتی متهم به انواع تهمت‌هاگردیدند. گرچه عاقبت خود نیز نتوانستند رشته کار را حفظ کرده و از نظر سیاسی دچار وضع بدتری شدند.
این تجربه هم در مشروطه رخ داد و هم در نهضت نفت، طبعاً امام با هشیاری تاریخی از این تجربه عبرت کافی گرفته و این بار موضع‌برتری در برابر قسمتی از روشنفکران مذهبی غربگرا اتخاذ کرد، زمانی که این افراد کوشیدند تا در دولت موقت، قدرت را از دست‌امام بگیرند یا در زمانی بنی صدر خواستند اثبات کنند مردم چند درصد او را بیش از ا مام دوست دارند، امام با موضع‌گیری‌های معقول و به پشتوانه هشیاری مردم، آنان را به کناری نهاد. در غیر این صورت یکبار دیگر نیز روحانیت دچار خدعه و نیرنگ‌منورالفکران شده بود. حضرت امام آنها را پله پله از نردبانی که فکر می‌کردند روحانیت برای ترقی آنان درست کرده، پایین کشیدند.
حضرت امام در باره شگردی که در مشروطه عمال سیاست خارجی برای جایگزینی غربزده‌ها به جای روحانیت به کار بستند،می‌فرماید:
«از آن طرف عمال قدرت‌های خارجی و خصوصاً در آن وقت انگلستان در کار بودند که اینها را از صحنه خارج کنند یا به ترور و یا به تبلیغات. گویندگان آنها کوشش کردند به اینکه روحانیون را از دخالت در سیاست خارج کنند و سیاست را بدهند به دست آنهایی که‌می‌توانند به قول آنها، یعنی فرنگ رفته‌ها و غربزده‌ها و شرق‌زده‌ها و کردند آنچه را کردند. یعنی اسم مشروطه بود و واقعیت استبداد،آن استبداد تاریک ظلمانی شاید بدتر از زمان، و حتماً بدتر از زمان‌های سابق.»
از مسایلی که زمینه این جایگزینی را فراهم کرد این بود که روحانیت با سرخوردگی از برخی از قضایا خود را کنار کشید، آنها دربحبوحه داغی جریانات حضور داشتند اما متأسفانه بعد از اوج‌گیری انحرافات، آن عده که در قید حیات بودند تنها به درس و بحث خاص خود پرداختند گرچه زندگی دینی توده‌های مسلمان و حفظ اسلام در وجود آنها نیز به دست آنان بود، امام در این بارهمی‌فرماید:
«در جنبش مشروطیت همین علما در رأس بودند اصل مشروطیت اساسش از نجف به دست علما و در ایران به دست علما شروع شد و پیش رفت این قدر که آنها می‌خواستند که مشروطه تحقق پیدا کند و قانون اساسی در کار باشد شد، لیکن بعد از آنکه شد، دنباله‌اش گرفته نشد. مردم بی‌طرف بودند روحانیون هم رفتند هر کس سراغ کار خودش.»
و در جای دیگر نیز حضرت امام فرمودند:
«اگر روحانیون، ملت، خطبا، علما، نویسندگان، روشنفکران متعهد سستی بکنند و از قضایای صدر مشروطه عبرت نگیرند به سر این‌انقلاب آن خواهد آمد که به سر انقلاب مشروطه آمد.»
و نیز در جای دیگری می‌فرماید:
«.. و مثل زمان مشروطیت نشود که آنها که اهل کار بودند مأیوس بشوند و کنار بروند، که در زمان مشروطیت همین کار را کردند ومستبدین آمدند و مشروطه خواه شدند و مشروطه خواهان را کنار زدند.»
جدای از یأسی که بر بعضی از روحانیون عارض شد، مشکل دیگری نیز روحانیت دچار آن بود و آن اینکه صرفنظر از اختلافات‌فکری موجود بین موافقین و مخالفین، کسانی نیز عملاً بین روحانیون اختلاف افکنی می‌کردند،