با مرگ شاهرخ در سال 850 ه¨ . ق . 1446 م جنگهای داخلی میان نوادگان تیمور درگرفت که با تجزیه کامل امپراتوری تیموری پایان یافت. از سوی دیگر، روی کار آمدنطوایف ترکان قره‌قویونلو و آق‌قویونلو در باختر ایران و بسط نفوذ اوزبک‌ها در آسیای‌مرکزی، حیات و بقای تیموریان را به خطر انداخت. در نهایت، دولت توسعه‌طلب‌اوزبک، خراسان را ضمیمه ماوراءالنهر ساخت و در مجاورت مرزهای دولت قزلباش‌قرار گرفت. از جانب دیگر، قدرت و ضعف تیموریان بر اعمال حاکمیت آنان دربخشهای غربی ایران تأثیر بسزایی داشت. ضعف آخرین شاهزادگان این خاندان باتوسعه فزاینده قدرت قبایل ترکمن ارتباط داشت که نتیجه آن از میان رفتن تسلط حکام‌ایران شرقی بر سرزمینهای ایران غربی بود. آق‌قویونلو در ناحیه دیار بکر و قره قویونلو در سرزمین وان بودند. در ابتدا، قدرت قره‌قویونلو، خاندان آق‌قویونلو را تحت‌الشعاع‌خود قرار داد. لیکن کشمکشهای میان دو خاندان به سود تیموریان و به زیان‌قره‌قویونلوها تمام شد.
شیخ بهایی
شیخ بهاء الدین ، محمدبن حسین عاملی معروف به شیخ بهایی دانشمند بنام دوره صفویه است. اصل وی از جبل عامل شام بود. بهاء الدین محمد ده ساله بود که پدرش عزالدین حسین عاملی از بزرگان علمای شام بسوی ایران رهسپار گردید و چون به قزوین رسیدند و آن شهر را مرکز دانشمندان شیعه یافتند، در آن سکنی گزیدند و بهاءالدین به شاگردی پدر و دیگر دانشمندان آن عصر مشغول گردید.
مرگ این عارف بزرگ و دانشمند را به سال 1030 و یا 1031 هجری در پایان هشتاد و هفتمین سال حیاتش ذکر کرده اند.وی در شهر اصفهان روی در نقاب خاک کشید و مریدان پیکر او را با شکوهی که شایسته شان او بود ، به مشهد بردند و در جوار حرم هشتمین امام شیعیان به خاک سپردند.
شیخ بهایی مردی بود که از تظاهر و فخر فروشی نفرت داشت و این خود انگیزه ای برای اشتهار خالص شیخ بود.شیخ بهایی به تایید و تصدیق اکثر محققین و مستشرقین ، نادر روزگار و یکی از مردان یگانه دانش و ادب ایران بود که پرورش یافته فرهنگ آن عصر این مرز و بوم و از بهترین نمایندگان معارف ایران در قرن دهم و یازدهم هجری قمری بوده است. شیخ بهایی شاگردانی تربیت نموده که به نوبه خود از بزرگترین مفاخر علم و ادب ایران بوده اند، مانند فیلسوف و حکیم الهی ملاصدرای شیرازی و ملاحسن حنیفی کاشانی وعده یی دیگر که در فلسفه و حکمت الهی و فقه و اصول و ریاضی و نجوم سرآمد بوده و ستارگان درخشانی در آسمان علم و ادب ایران گردیدند که نه تنها ایران ،بلکه عالم اسلام به وجود آنان افتخار می کند. از کتب و آثار بزرگ علمی و ادبی شیخ بهایی علاوه بر غزلیات و رباعیات دارای دو مثنوی بوده که یکی به نام مثنوی "نان و حلوا" و دیگری "شیر و شکر" می باشد و آثار علمی او عبارتند از "جامع عباسی، کشکول، بحرالحساب و مفتاح الفلاح والاربعین و شرع القلاف، اسرارالبلاغه والوجیزه". سایر تالیفات شیخ بهایی که بالغ بر هشتاد و هشت کتاب و رساله می شود همواره کتب مورد نیاز طالبان علم و ادب بوده است.
تا کی به تمنای وصال تو یگانه
اشکم شود از هر مژه چون سیل روانه
خواهد که سرآید غم هجران تو یا نه
ای تیره غمت را دل عشاق نشانه
استاد سیدجلال‌الدین آشتیانی در سرگذشت‌نامه خود می‌نویسد: «حقیر سال 1304 خورشیدی در قصبه آشتیان (که اکنون به شهری مبدل شده) از مضافات سلطان‌آباد عراق (اراک) متولد شدم. دوره ابتدایی را در دبستان خاقانی آن‌جا به‌پایان رساندم و در مکتب‌خانه قدیم، گلستان سعدی، نصاب‌الصبیان، تاریخ معجم و جامع‌المقدمات در صرف، نحو، قسمتی از دره نادری و نیز قسمتی از کتاب شرح سیوطی را قرائت کردم.»
به‌گزارش خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا)، علامه در ادامه یادآور می‌شود: «نگارنده در سال 1323 خورشیدی به تشویق و راهنمایی و مساعدت روحانی آشتیان به دارالعلم قم مسافرت کردم و آن‌جا کتاب مغنی و مطول و قسمت زیادی از شرح لمعه را خدمت مرحوم آقای صدوقی یزدی، که دارای استعداد و هوشی قابل توجه و حافظه‌ای قوی و بیانی روان و جذاب بود، خواندم.
جلد اول کفایه و چند سال قبل از آن، شرح شمسیه را خدمت آیت‌الله حاج میراز عبدالجواد جبل عاملی اصفهانی، که (به تمام معنی مرد خدا بود) قرائت کردم. سپس به معرفی مرحوم "آقا میرزا مهدی آشتیانی"، خدمت مرحوم "حاج شیخ مهدی مازندرانی"، که در معقول از شاگردان "آقا میرزا حسن کرمانشاهی " و "آقا میرشهاب‌الدین تبریزی" و در منقول از شاگردان "حاج شیخ فضل‌الله نوری" و آقا "سیدعبدالکریم مدرس" و "آقا سیدمحمد کاظم یزدی" و "شیخ الشریعه اصفهانی" بود، شروع به قرائت شرح منظومه حکیم سبزواری و مکاسب شیخ اعظم انصاری کردم و تا اواخر الهیات منظومه و قمست زیادی از شوارق را و بعد قسمتی از امور عامه اسفار را نزد آن مرحوم فراگرفتم.
حاج شیخ مهدی خیلی منظم و مرتب درس خوانده بود و آن‌چه را که خوانده بود، از عهده تدریس آن برمی‌آمد و از بیانی فصیح نیز برخوردار بود. بنده قسمتی از امور عامه اسفار را خدمت آن مرحوم قرائت کردم. ایشان درس تفسیری هم داشت که قابل استفاده بود. او با دقت شفا، اسفار، شرح فصوص و شرح اشارات را نزد اساتید نامی قرائت کرده بود و دروس منقول را نیز نزد بهترین اساتید فراگرفته بود.
شخصا مردی متقی و پرهیزگار و بی‌علاقه به شهرت و خودنمایی بود. اسلام و تشیع در عمق روح او ریشه دوانده بود، لذا با تمام هویت معتقد به مبدا، معاد، متحقق به قواعد عقلی، فلسفی، عقاید دینی و متمحض در سلک توحید، اهل عبادت و پای‌بند به نوافل و ادعیه و اوراد بود. چون منزوی از خلق بود، بدبین بود و شاید چیزهایی می‌دانست و می‌گفت که ما نمی‌دانستیم.
به قول "مرحوم استاد علامه آقای مطهری"، مثل این که حرف‌های حاج شیخ مهدی روی میزان بوده است و راست از کار درمی‌آمد. البته انزوا، خود بدبینی می‌آورد، بخصوص در او که عوامل خارجی نیز در افکارش موثر بود.
نگارنده، مدت هشت سال به درس فقه و اصول خاتم‌الفقها "آیت‌الله العظمی بروجردی - اعلی‌الله قدره فی النشات الالهیه" و مدت یک سال به درس عالم مجاهد مظهر صفات ربانی، "آقا سیدمحمدتقی خوانساری" حاضر شدم. در مدت دو سال اقامت در نجف از دروس مرحوم فقیه ربانی آقای حکیم - اعلی‌الله قدره - و استاد محقق و عالم عادل و مجتهد بارع آقای "سیدعبدالهادی شیرازی"، که در علم و عمل از نوادر بود، استفاده کرده‌ام؛ ولی مرتب و بدون وقفه در درس فقیه و اصولی نامدار و حکیم الهی، "آقا میرزا حسن بجنوردی خراسانی" حاضر می‌شدم که سرعت انتقال و فهم مستقیم را با حافظه‌ای حیرت‌آور توام کرده بود.
آقا میرزا حسن، ادبیات را نزد "میرزا عبدالجواد ادیب نیشابوری" فراگرفته بود. اغلب قصاید شعرای خراسان را در حفظ داشت. از حکیم صفای اصفهانی و شعرای معاصر آن زمان مثل ملک‌الشعرا بهار اشعار زیاد در حافظه داشت و اشعار فکاهی ایرج را نیز برای ما می‌خواند.
مرحوم "علامه مظفر آقاشیخ محمد رضا" می‌فرمود: «میرزا شاید حدود صدهزار شعر از شعرای عرب، آن هم قصایدی که در مدح حضرت رسول [ص] و حضرت امیر مومنان [ع] گفته شده است، حفظ دارد. در حکمت و فلسفه از شاگردان برجسته آقا بزرگ حکیم و حاج فاضل خراسانی و در منقول از افاضل حوزه "آقا ضیاء‌الدین عراقی" و "آقا میرزا حسین نائینی" بودند.
آقا میرزا حسن تمامی مواردی را که سعدی از متنبی متاثر شده است، حفظ بود و قرائت می‌کرد و اثبات می‌کرد که سعدی بهتر مطالب را ادا کرده است.
در حکمت و فلسفه، حدود پنج سال به درس استاد علامه، "حاج میراز محمد حسین طباطبائی تبریزی" حاضر شدم و چند سال از درس تفسیر و اصول فقه آن مرحوم استفاده کردم.
مرحوم آقای طباطبایی کفایه را به انضمام حواشی استاد خود "حاج شیخ محمدحسین اصفهانی" برای حقیر و جمعی از دوستان تدریس فرمودند. آقای طباطبائیی علاوه بر جامعیت در علوم معقول و منقول، انسانی تمام‌عیار بود. مدت‌ها در علم سلوک و اخلاق به سبک اساتید فن در اعتاب مقدسه، مثل "آقا میرزا علی اقای قاضی" و "حاج میراز حببی ملکی" و اساتید طبقات بعد از آن‌ها، روح و سرشت پاک طبیعی و ذاتی خود را با علم و عمل و اخلاق کسبی، توام کرده بود. لذا شخصی سلیم‌النفس، دارای اعتدال روح و به اخلاق ارباب معرفت متخلص بود. به حقیر لطف فراوان داشت و در تمام مدتی که به درس ایشان می‌رفتم و یا در منزل و گاهی در ییلاقات مدتی حسب‌الامر او در خدمت‌شان بودم، ذره‌ای هوا و هوس و مختصری انحراف از جاده عدالت و معنویت در ایشان ندیدم. ملکی بود، در صورت انسان.
قوی‌الایمان، سلیم‌الجنبه و مامون‌الناحیه و درواقع عمل و رفتار او، خود به‌خود انسان را به‌طرف معنویات سوق می‌داد، که از معصوم وارد است: «کونوا دعا بغیر السنتکم.»
حقیر برخلاف آن‌چه که شهرت دارد، از محضر استاد مرحوم آقا میرزا مهدی آشتیانی استفاده نکرده‌ام. ایامی که آن مرحوم تدریس داشت، نگارنده استعداد استفاده از او را فاقد بودم و این اواخر که اسفار و شفا می‌خواندم، آقا میرزا مهدی بستری بود. برخی از مشکلات فلسفی و عرفانی را آن محروم برای حقیر تقریر می‌فرمودند. ایشان نیز مردی بسیار سلیم‌النفس بود. کلیه مبانی حکمای مشاء و اشراق و حکمت متعالیه ملاصدرا را از حفظ داشت. در عرفان احاطه حیرت‌آور داشت و اگر عرض کنم، تمامی فصوص ابن عربی و مصباح‌الانس، شرح بر مفتاح قونوی، را به یاد داشت و آن‌چه را که نزد اساتید فراگرفته بود، به واسطه سرعت انتقال و حافظه عجیب، در حفظ داشت؛ اغراق گویی نکرده‌ام.
حقیر حدود یک سال در درس اسفار استاد نامدار و عالم متقی "آقا میرزا احمد آشتیانی" حاضر شده است. اگرچه کثرت سن و ضعف ناشی از کهولت مانع بود که آن‌چه را می‌داند، تقریر کند؛ ولی استاد مسلم بود.
مرحوم آقا میرزا احمد در نجف که اسفار تدریس می‌کرد، یک صفحه اسفار چاپ سنگی را یک هفته تدریس می‌کرد. در این اواخر به حافظه و حضور ذهن او مطلقا خللی راه نیافته بود. مشکل‌ترین مباحث اسفار را بدون مطالعه قبلی برای انسان حل می‌کرد. شرح فصوص قیصری و تمهید القواعد و نصوص قونوی و شرح مفتاح الغیب را نزد آقا میرزا هاشم قرائت کرده بود و استاد این فن بود.
نگارنده بعد از قرائت الهیات و امور عامه اسفار و الهیات شفا، تابستان به تهران مسافرت کردم. یکی از دوستان حقیر (مرحوم حاج میرزا تقی آجیلی) از تجار تهران که در قزوین کارخانه خشکبار داشت، پیشنهاد کرد که به قزوین برویم. نگارنده تا آن زمان مرحوم استاد اعظم (سیدسادات اعاظم الحکما) آقای "حاج میرزا ابوالحسن قزوینی" را زیارت نکرده بود. بعد از ورود به قزوین، بعدازظهر آن روز رفتم، مدرسه التفاتیه طلاب، گفتند: آقای رفیعی نیم ساعت دیگر تشریف می‌آورند.
خدا رحمت کند "حاج شیخ علی‌اصغر تاکندی" را که در حال کهولت سن به‌سر می‌برد و اخلاق محمدی داشت. از بنده دعوت کرد و در جلو حجره فرزندش، که در آن زمان طلبه بود و فعلا از فضلاست، با قلیان و چای پذیرایی کرد. آقای "حاج سید ابوالحسن" وارد شد. دارای هیبت و وقار خاصی بود. پیشانی بلند، نظری گیرا داشت. خوش‌صحبت و بااطلاع و نیک‌محضر بود. تاریخ ایران را بعد از دوران اسلامی حفظ داشت. بحارالانوار مجلسی را مکرر مطالعه کرده بود و به تمام نقاط ضعف آن آشنا بود.