این قصر که نمونه منحصر به فردی از معماری کاخهای عهد صفوی است، در اوایل قرن یازدهم هجری به فرمان شاه عباس اول ساخته شد و شاه صفوی سفراء و شخصیت های عالیقدر را در این کاخ به حضور میپذیرفته است. این کاخ دارای 5 طبقه است که هر طبقه تزئینات مخصوص دارد. در زمان شاه عباس دوم به بنای اصلی افزوده شده و شاه و میهمانانش از تالار همین عمارت، مناظر و چوگان و چراغانی و آتشبازی و نمایش های میدانی را تماشا می کردند . این قصر که «دولتخوانه مبارکه نقش جهان» و «قصر دولتخوانه» نام داشت، نمونه‌منحصر به فردی از معماری کاخهای عهد صفوی است. مینیاتورهای هنرمندانه رضاعباسی،نقاش معروف عهد شاه‌عباس، نقاشیهای گل و بوته، شاخ و برگ، اشکال وحوش و طیور و گچ بری های زیبای آن به شکل انواع جام و صراحی در تاق‌ها و دیوارها تعبیه شده است . گچ بری های اتاق صوت با هدف آکوستیک طراحی و اجرا شده‌اند تا نغمه‌ها و صداها به طور طبیعی و دلنشین شنیده شوند .
عالی قاپو به دو صورت تلفظ گردیده که برای هر کدام وجه تسمیهی است. آنچه بیشتر در مورد محاورات و مکاتبات متداول می باشد عالی قاپو است که مرکب از کلمه عالی و قاپوی ترکی به معنی در می باشد یعنی باب عالی و مراد اینست همان طور که در عثمانی باب عالی معمول بوده بین ایرانیان شیعه هم چنین یابی وجود داشته که مانند باب عالی عثمانیه ا مورد احترام بوده است و از این رو کلیه کسانی که می خواستند وارد عالی قاپو شوند باید خم شده آستانه را بوسیده و داخل شوند و حتی شاه عباس هم هنگام دخول باین عمارت از اسب پیاده می شده است. گذشته از این عالی قاپو محل تحصن مقصران و گناهکاران بوده که هر جانی و یا گناهکاری که وارد درب عالی قاپو می گردید کسی نمی توانست او را از آنجا بیرون بیاورد مگر به امر شاه صفوی و خلاصه عالی قاپو همان احترامی را داشت که باب عالی در عثمانی داشت. و اما عده ای که آنرا علی قاپو و علی قاپو نوشته اند معتقدند که هنگامیکه شاه عباس کبیر درب نقره برای بارگاه حضرت امیرالمومنین علیه السلام به نجف برد و نصب کرد دری را که در پیش آنجا نصب شده بود برای تیمن و تبرک اصفهان آورد و در عالی قاپو نصب کرد و از این جهت آن را عالی قاپو و یا قاپی نامیده ند که این در منسوب به حضرت علی بن ابی طالب علیه السلام است و از این رو مورد احترام شاه و مردم بود و حتی تا چند سال پیش هم مردم در اطراف آنجا آش ها می پختند و نذوراتی می کردند و بزنجیر جلو در مزبور رشته هائی بعنوان دخیل می بستند و همانطور که گفته شد در زمان سلاطین صفویه جای بست گناهنکاران بود. در هر حال از هر دو نام و وجه تسمیه چیزیکه استنباط می گردد نصب این دو رفتاری که در مقابل آت در می شده مربوط به یک امر سیاسی بوده که همان استقلال صفویه در مقابل عثمانی ها باشد. و اما عمارت عالی قاپو بنیانش از زمان سلطنت سلاجقه است و در زمان صفویه دارای آن همه زیبائی و شکوه شده است و درب آنرا شاه عباس بزرگ از نجف اشرف آورده و از این جهت مورد احترام سلاطین صفویه و مردم بوده است و چون این کاخ در مقابل باب عالی عثمانی ها قرار داشته فوق العاده در جهت عظمت و زیبائی آن همت مصروف داشته اند. کاخ عالی قاپو سه طبقه و هر طبقه منقسم به دو طبقه اطاق است که در واقع شش طبقه می شود و چون از بام طبقه آخر میتوان تمام مناظر شهر را دید خود بام را هم یک طبقه حساب کرده اند و می گویند عالی قاپو هفت طبقه است ارتفاع آن 48 متر و در 28 متری دارای ایوان بزرگی است که در میان ستون های آن حوض مسی قرار دارد که آب از آن فوران می کرده است. گچبری و نقاشیهای عالی اطاق ها متعدد آن هر بیننده را خیره می کرده و اکثر گچبری ها بشکل بطری و شیشه های شراب است. این کاخ در غرب میدان شاه است که عرصه آن 386 متر طول و 140 متر عرض است در مقابل عالی قاپو مسجد شیخ لطف الله در شرق میدان واقع شده است. شاردن فرانسوی که سه مرتبه باصفهان مسافرت کرده و عمارت و کاخ های دولتی را دیده گفته است .
عالی قاپو بزرگترین کاخی است که ممکن است در یک پایتخت وجود داشته باشد. پس می توان گفت که این کاخ در زمان صفویه از بهترین کاخ ها دنیا محسوب می شده است و از این رو محتوی بر تمام مزایا و محاسن بوده و آنچه لازمه یک کاخ سلطنتی بوده در آن وجود داشته است.
برای اینکه وضع کاخ مزبور در پایان قرن سیزدهم هجری معلوم گردد بهتر این است که نظریه مورخان آن زمان را نقل کنیم. مولف نصف جهان فی تعریف الاصفهان چنین گفته است: اما عمارت عالی قاپو که دروازه بزرگ عمارات دولتی برآن است و آن مثل سردری بر آن واقع شده محل نظر مهندسان و تمام معماران ایران و غیره است و به وضعی ساخته شده که مایه حیرت جمع گشته است. عمارت باین ارتفاع و باین قطر و باین پایه و این استحکام که از وقت بنای آن تاکنون که قریب سیصد سال، است با وجود تواتر شلیک توپ و تفنگ که در آن میدان واقع است اصلا خللی و تزلزلی در اصول و بنیان آن راه نیافته مگر بعض فروع آن از کاشیکاری و غیره که فی الجمله ریخته است. و مجملاً عمارت مذکور ارتفاعاً محتوی بر پنچ چشمه دارد که همه آنها مشتمل بر حجرات و همه بالای یکدیگر است و محلهای نیکو است و یک جهت آن با دیگری چشمه ها متفاوت است این عمارت را شاه عباس بزرگ بنا و تمام نموده و دروازه از صحن نجف اشرف تیمناً و تبرکاً آورده ست و بر آن نصب کرده و تا حال دروازه عمارات است و بجا است و به همین سبب آنرا عالی قاپو نام نهاده است. سلاطین بعد از او پیش این دروازه را عمارت خروجی بطرف میدان طرح انداخته و ساخته اند و دو طرف آنرا هم یمیناً، یساراً، دخولی و حجرات بنا کرده و بر بالای همه آن تالاری به طرزی خوب و جهی مرغوب بنا و تمام نموده اند با ستون های بلند و سقف مرتفع به استحکام استوار کرده که بیننده را حیرت افزاید و در میان آن تالار حوضی ساخته اند که در زمان پیش آب مینموده اند و با استحکامی است که اصلاً رطوبتی بسقف بنای زیر آن نشر نمی کرده و این تالار محل نشیمن پادشاه برای عرض لشکر بوده و از چند حجره میانی آن عمارتن رفیع راه ورود باین تالار است و چنان استادی در ساخت و اتصال این دو عمارت نموده اند که کسی گمان نمی کند اینها را در دو وقت ساخته و متصل نموده اند و چون بر بالای این عمارت به طبقه آخری روند تمام شهر بل اطراف آن نمایان و ناظر را حالت انبساط و فرح روی بنماید و در آن بالا هم یک مربعی محلی باز ساخته اند که چون بر آن روند نمایندگی زیاد و صفا بیشتر و کیفیت غریبتر باشد. مثل این عمارت و غرابت و نفاست آن که در تمام ایران بلکه بسیاری از ممالک دیگر موجود نیست. میرزا علیخان نائینی روزنامه نویس ناصرالدین شاه قاجار در سال 1300 هجری قمری گزارشی که راجع به تاریخ و جغرافیای ایران در دو جلد تهیه کرده که هنوز مخطوط و تا چند سال قبل در کتابخانه وزارت دارائی بود و به طوریکه در پیش اشاره شده آنچه راجع به اصفهان نوشته عیناً با کتاب جغرافیای اصفهان میرزا حسینخان تحویلدار که به چاپ رسیده بعین منطق می باشد راجع به کاخ عالی قاپو چنین نوشته است. تالار و قصر عالی قاپو تا حال به نیکوئی و عظمت و ارتفاع آن عمارتی در ایران ساخته نشده پنج طبقه قصر مزبور بانضمام کلاه فرنگی عرشه آن 34 ذرع ارتفاع دارد هر کدام از طبقاتش و مشتمل برمکان های ملوکانه و اطاق های وسیع و طاق های رفیع و بیوتات زمستانه و تابستانه و جلو قصر از پایه روی زمین الی محاذی سقف طبقه دوم قصر پایه و صحن تالار عظیم تالار فوقانی واقع شده چاه و منبع طبقه دوم قصر، من بعد از ظهر آن منبع حوض از مس یکپارچه است و غیر از مجرای دو سوراخ تنگ تنلبه ممر و مدخلی بجهت قصر و تالار ندارد که با چرخ و دلو بتوان آب کشید. و دیگر درب بسیار عالی که بدروازه دالان تحتانی قصر منصوب است از چوب زیاد با دوام و قوامی است معروف به چوب کلوذه که جوزق درختی باشد از هر چوبی هست درب اول بقعه متبر که حضرت امیرمومنان علیه السلام است که سلاطین هندوستان در نجف اشرف برده بودند. وقتی شاه عباس صفوی درب نقره را برد و بجای آن نصب نمود درب مزبور را جهت تیمن و تبرک به اصفهان آورد و به دروازه دالان قصر و تالار برقرار فرمود، الان قصر منسوب به آن درب است و درب موسوم به علی قاپو و قبله گاه خلایق است. وضع ساختمان عالی قاپو را مسترسایکس انگلیسی بطور اختصار چنین توصیف کرده: در طرف مشرف میدان شاه عالی قاپو یا عالی قاپو دروازه بزرگی قرار دارد که آن مدخل قصر سلطنتی بوده است. این بنا عبارت از یک طاق نمای بزرگی است که روی آن یک تالار بزرگ بر روی ستون های چوبی قرار گرفته و یکی از نمونه های خاص معماری عصر نوروز را رعام می دادند. شاردن میگوید این تالار زیباترین این تالاری است در نوع خود که من در تمام دنیا دیده ام و از همین عمارت بود که شاه صفوی مسابقه های چوگان بازی، اسب سواری، و جنگ حیوانات وحشی، را در حضور هزاران رعایای خود تماشا می کردند. جابری انصاری در تاریخ اصفهان و ری اظهار نظر کرده که اشتهار اینکه درب عالی قاپو را از نجف آورده اند برای جلب افکار عمومی و احترام بدر بار صفوی بوده است و اگر نه آوردن درب از نجف اشرف محرز نیست. در تاریخچه ابنیه تاریخی اصفهان وضع گذشته و زمان تالیف 1335 ه.ش را تشریح کرده و چنین گفته: عالی قاپو - علی قاپو - در میدان نقش جهان دوره تیموریان که تبدیل به میدان شاه امروزی شده است عمارتی از زمان تیموریان باقی بود که در زمان شاه اسماعیل صفوی تا اندازه ای آباد و سپس بحالت خرابی در آمده وقتی که شاه عباس اول صفوی پای تخت را به اصفهان انتقال داد ابتدا در باغ بزرگی که در طرف طوقچی بود منزل نمود و سپس که میدان را مسطح و مرتب کرد عمارت قدیمی را نیز برای سکونت خود و درباریان ساختمان نمود. و در دوران شاه صفی و شاه عباس دوم (1053) و شاه سلسمان و شاه سلطان حسین نیز تعمیراتی از آن به عمل آمده است. سیاحان و مورخین خارجی و داخلی شرح مفصلی نسبت به وضعیت و شکوه این کاخ نوشته اند بخلاصه اینکه در آن تاریخ این قصر از تمام قصور سلاطین زیباتر و دلرباتر و جامعتر بوده است. این عمارت فعلاً دارای جلوخانی است که در طرفین آن دو اطاق و از ارهاش تماماً به ارتفاع یک متر و نیم از سنگ سیاه پوشیده و استوار شده و تمام بنا از آجرهای تراش و یکنواخت ساختمان گردیده است و کسی حق نداشته سواره وارد شود. در جلو این جلوخان از قدیم زنجیر دانه درشت آهنی وجود داشت که بحلقه های طرفین باز و بسته میشد که هر کس پناهنده میشد در امان سلطان بوده است. به فاصله چند متر در اصلی کاخ ببلندی 5 متر واقع است که روی آنرا از فلز مطلا جدول کشی نموده اند و در طرفین دو سکوی بزرگی به ابعاد 4 در 5.2 متر از شش پارچه سنگ مرمر ظریف ساخته شده و بالای در ورودی عبارت: انا مدینه العلم. و علی بابها بر روی کاشی زمینه زرد نوشته شده است. آستانه این در سنگ مرمر مدوری است که میگویند شاه عباس هر وقت سواره می آمد در اینجا پیاده می شد و پا روی آستانه نمی گذاشت و عبور می کرد. درباره وجه تسمیه عالی قاپو بعضی را عقیده آنست که این در را شاه عباس از نجف و بجای در نقره ای که بدانجا برده آورده و از این جهت علی قاپو نامیده می شود. عده دیگری گویند به جهت اینکه در بلند و عالی است بنام عالی قاپو گفته اند و یا در برابر باب العالی ترکیه نام گذارده شده این در نیز دارای زنجیر مطلائی بوده که حکم بست را داشته و الحال نیز قطعه از آن باقی است که تا این اواخر مردم متوسل بآن شده نذوراتی مینمودند و مانند مقابر متبرکه نیز پارچه ای باین زنجیر می بستند. بالای در ورودی پنجره مشبک چوبی از زمان قدیم باقی است. دهلیز عمارت ازاره اش از سنگ های سیاه و بالاتر تماماً از نقاشی های زیبا گل و بوته تزیین یافته ورودی آنرا گچ کشیده بودند که این اواخر کم و بیش نثاشی ها را از زیر گچ بیرون آورده اند. دو دهلیز ورودی و خروجی عمارت از مشرق به مغرب یا به عکس بطور عمود بر یکدیگر مانند صلیب ساخته شده که در اصلی و سکوهای سنگ مرمر طرفین واسطه بین آن دو است. در یکی از چادرهای این کاخ طبقات مختلفه تعمیر و نقاشی کاخ را در گذشته بخوبی نشان می دهد در روی یکی از ورقه های نقاشی، دیوار این عبارت خوانده میشود: گرکند براه تو.... زانکه تقوی سر هم کرم است نا گرفتن درم بوجه حرام
بهتر از بذل کردن امیرالمومنین ...