باید بدون ابراز هیچ‌گونه تردیدی گفت: نقش اول و اساسی را در جنبش آزادیخواهانه و عدالت‌خواهانه مردم در مشروطه، علما بر عهده داشتند. آنها با نفوذ روحانی خود در جامعه، و سابقه‌ای که به دلیل همین نفوذ معنوی از آن برخوردار بودند، توانستند جنبشی را علیه حکومت ظالمانه قاجار به وجود آورند.»[xlviii] امام خمینی(ره)، رهبر کبیر انقلاب اسلامی ایران، در این مورد می‌فرماید: «در این جنبشهایی که در طول زمانی که ما بودیم در آن، یا نزدیک ما بوده، در این جنبش ها کسی که قیام کرده، باز این طبقه (روحانیون) بودند. طبقات دیگر هم همراهی کردند، لیکن اینها ابتدا شروع کردند. در قضیه تنباکو اینها بودند که به هم زدند اوضاع را. در قضیه مشروطه اینها بودند که جلو افتادند و مردم هم همراهی می‌کردند با آنها. در این قضایای دیگر هم، روحانیت با شما همه رفیق بوده است[xlix]... این صد سال اخیر را وقتی ما ملاحظه می‌کنیم، هر جنبشی که واقع شده است از طرف روحانیون بوده است بر ضد سلاطین. جنبش تنباکو بر ضد سلطان وقت آن بوده است. جنبش مشروطه بر ضد رژیم بود. البته با قبول‌داشتن رژیم، عدالت می‌خواستند ایجاد کنند[l]... جنبش مشروطیت هم... از روحانیین نجف و ایران شروع شد. مردم تبعیت کردند و کار را تاآنجاکه توانستند، آن وقت انجام دادند و رژیم استبدادی را به مشروطه برگرداندند. لیکن خوب نتوانستند مشروطه را آن‌طورکه هست درستش کنند، متحققش کنند. باز همان بساط [رژیم استبدادی] بود[li]... در جنبش مشروطیت همین علما در رأس بودند. اصل مشروطیت اساسش از نجف به دست علما و در ایران به دست علما شروع شد و پیش رفت. این قدر که آنها می‌خواستند که مشروطه تحقق پیدا کند و قانون اساسی در کار باشد، لیکن بعدازآن‌‌که شد، دنباله‌اش گرفته نشد...[lii] مشروطه را آنها (علما) به پا کردند و دیگران آمدند و مشروطه را همان استبداد غلیظ‌تر با اسم مشروطه، یک اسم بی‌مسمایی بود و گفته می‌شد که ما مجلس داریم و مشروطه‌خواه هستیم، لیکن استبداد به تمام معنای خودش بر ما حکومت می‌کرد.»[liii]
بنابر آنچه گذشت، نقش روحانیت در زایش و پیدایش مشروطیت کاملا آشکار است، اما چرا پس از پیروزی اولیه مشروطه، روحانیت کنار رفت و یا کنار گذاشته شد. ازاین‌رو، پرسش اصلی می‌تواند این باشد که علت کناره‌گیری یا کنارگذاشتن روحانیت چه بود؟
1 دستهای اجانب: حامد الگار در کتاب نقش روحانیت پیشرو در جنبش مشروطیت می‌نویسد: «اندکی پیش از کشته‌‌شدن سید‌عبدالحمید و مهاجرت علما به قم، یکی از رهبران روحانی جنبش مشروطه با گراندوف (granduff، وابسته سفارت انگلیس) در محل ییلاقی سفارت واقع در قلهک ملاقات کرد. وی تقاضای کمک نمود، اما وابسته سفارت حکومت سلطنتی انگلیس به او گفت به‌هیچ‌وجه به جنبشی که مخالف حکومت ایران باشد، کمک نخواهد کرد. [درحالی‌که] در بیست‌وهفتم جمادی‌الاول 1324/ نوزدهم ژوئیه 1906، چهار روز بعد از آغاز حرکت روحانیان و مردم به قم، تعدادی در سفارت انگلیس متحصن شدند...[و] گراندوف خواسته‌های [متحصنین] را به شاه تسلیم کرد.»[liv] صادق زیباکلام در کتاب سنت و مدرنیسم در این مورد می‌گوید: «پس از بهتوپبستهشدن مجلس... به اشاره انگلیسیها حدود هفتاد نفر به سفارت انگلیس پناهنده شدند.»[lv] فراماسونری هم به عنوان یک تشکیلات نوپا ولی مؤ‌ثر، با همراهی و همگامی اجانب نقش ویژه‌ای در ایجاد شکاف بین روحانیت بازی کرد. به عقیده الگار، «ظاهرا عبدالله بهبهانی دست‌کم در آغاز به علت مبارزه با رویه استبدادی عین‌الدوله به فعالیت پرداخت، اما مشخصا به هیچ‌یک از دسته‌های تهران وابستگی نداشت، لکن برخی دیگر از رهبران مشروطه به محافل گوناگون فراماسونری وابسته بودند [لذا]... درست‌‌دینیِ... آنان آشکارا در معرض شک قرارداشت.»[lvi]
2 توطئه دولتی: الگار در کتاب خود آورده است: «عین‌الدوله گماشتگانی در خفا به شاه‌‌عبدالعظیم فرستاد به‌امیداین‌که در رهبری علما تفرقه اندازد. در چهاردهم ذوالقعده 1323/ دوازدهم ژانویه 1906، چهار تن از علما به نمایندگی بقیه به تهران آمدند تا با عین‌الدوله درباره تقاضاهای‌شان گفت‌وگو کنند...هنگامی‌که علائم بی‌میلی عین‌الدوله به اجرای حکم تاسیس عدالتخانه افزایش یافت... رساله‌هایی درباره ضعف علما در برابر تعلل‌‌ورزی عین‌الدوله... منتشر شد. کار به جایی رسید که طباطبائی لازم دید شخصاً به منبر رفته، به قرآن سوگند یاد کند که او و همکارانش از عین‌الدوله رشوه نگرفته‌اند تا از درخواستهای خودشان دست بردارند.»[lvii] ملک‌زاده نیز در کتاب تاریخ انقلاب مشروطیت ایران به این موضوع اشاره می‌کند: «پس‌‌ازآن‌که محمدعلی‌شاه به واسطه فشار مردم و انقلاب تبریز، به خلاف میل قلبی... اعلان مبهم و بی‌سروته انتخابات را منتشر نمود، بر طبق نقشه‌ای که قبلا تهیه کرده بودند، سیل تلگراف از طرف شماری از روحانیون و اعیان شهرستانها در مخالفت با مشروطه و حرمت آن به طرف دربار... سرازیر شد... روحانیون مستبد تهران و رؤ‌سای طلاب، مجلسی در منزل حاجی‌شیخ‌فضل‌الله و منزل امام جمعه تهران منعقد نمودند و بر ضد مشروطه و اعلانی که از طرف شاه شده بود، به کنکاش پرداختند و پس از جلسات متعدد و مذاکرات بسیار بر آن شدند که متفقاً به دربار رفته و از شاه تقاضا نمایند که چون مشروطه و قانون اساسی مخالف شرع اسلام است... شاه باید از اعطای مشروطه و انتخابات به‌کلی صرف‌نظر کند.»[lviii]
3 منازعه در مفهوم برابری: زیباکلام عقیده دارد: «یکی از مبانی مشروطه، تساوی افراد در برابر قانون بود. به‌عبارت‌دیگر، اگر فردی جرمی را مرتکب می‌شد، قانون مستقل از جنسیت، مذهب یا وضعیت اجتماعی متهم می‌باید به آن جرم رسیدگی نماید. اما شیخفضلالله این اصل را خلاف شریعت می‌دانست، زیرا معتقد بود که شرع میان مسلم و غیرمسلم در ارتکاب جرم تفاوت قائل شده است... به‌عنوان‌‌مثال حکم یک کافر ذمی، با حکم یک کافر حربی یا اهل کتاب متفاوت است.»[lix] در عوض آیت‌‌الله نائینی می‌گفت: «غرض از مساوات و یکسان‌بودن در برابر قانون، در خصوص قوانین عرفی می‌باشد که بالطبع همه از جمله پادشاه و حاکم با افراد معمولی در برابر آن یکسانند... احکام اولیه... در حوزه عالمان دینی [است]، ولی... احکام ثانویه (پس‌‌ازآن‌که حکم ثانویه‌‌بودنشان توسط فقها تأیید شد)، باید توسط کسانی حل‌وفصل شود که اشراف به عرف و امور مستحدثه دارند. این افراد می‌توانند غیرروحانی و غیرمجتهد باشند، زیرا عنصر اصلی پرداختن به احکام ثانویه، آگاهی از عرف و مقتضیات زمانه است.»[lx]
4 معنای دوگانه حکومت مشروطه: یکی از دلایل اختلاف موجود بین روحانیت با هم و با روشنفکران که به کاهش اعتبار اجتماعی آنان مدد رساند، دوگانگی در فهم و استنباط مفهوم حکومت مشروطه بود. ازیک‌سو علمای نجف پس از بهتوپبستهشدن مجلس فتوا دادند «به عموم ملت حکم خدا را اعلام می‌داریم: الیوم همت در رفع این سفاک جبار (محمدعلی‌شاه) و دفاع از نفوس و اعراض و اموال مسلمین از اهم واجبات و دادن مالیات به گماشتگان او از اعظم محرمات و بذل جهد در استحکام و استقرار مشروطیت به منزله جهاد در رکاب امام زمان ارواحنافداه و سرمویی مخالفت و مسامحه به منزله خذلان و محاربه با آن حضرت صلوات الله و سلامه علیه است»[lxi] اما درهمان‌حال شیخفضلالله در همین مقطع زمانی اظهار می‌کرد: «[اگر] مقصود اینها تقویت دولت اسلام بود، چرا این‌قدر تضعیف سلطان اسلام‌پناه را می‌کردند... و چرا به‌‌همه‌نحو تعرضات احمقانه نسبت به سلطان مسلمین کردند.»[lxii] همچنین محمدحسین تبریزی، روحانی برجسته آذربایجان، نظر مشابهی ارائه داد: «پس بایست به قدر امکان، به قدرت و شوکت سلطان افزود تا از رعب و ترس شوکت و مجازات او اشرار اقارب و اجانب و گرگ‌های خون‌خوار داخله و خارجه حمله و تعدی به این مشت گوسفندان بی‌دست‌‌وپا ننموده و ایشان را پامال و طعمه خود قرار ندهند.»[lxiii]
5 اعتقادنداشتن به مشروطیت: علاوه بر دودستگی بین روحانیون معتقد به مشروطه (مشروطه و مشروطه مشروعه)، دستهای از طبقه روحانیت اساسا با مشروطه مخالف بودند و ازاین‌رو با روحانیت معتقد به مشروطه مخالفت می‌ورزیدند. زیباکلام در این مورد می‌نویسد: «برخی از روحانیون به واسطه عدم اعتقاد به مشروطه و یا تحت‌‌تاثیر نوشته‌های مخالفین مذهبی‌شان، به مشروطه پشت کردند.»[lxiv] کسروی درباره بی‌اعتقادی برخی از روحانیون به مشروطه می‌گوید: «در آخرهای فروردین در خود تبریز یک آشوب ریشه‌داری پیش آمد و آن دشمنی حاجی‌‌میرزاحسن مجتهد و برخی از نمایندگان انجمن ایالتی با مشروطه بود.» [lxv] زیباکلام تاثیر نوشته‌های مخالفین در کناره‌گیری از مشروطیت را چنین به تصویر می‌کشد: «اقلیت رادیکال غیرمذهبی درون مجلس و شماری از روزنامه‌های وابسته... انتقاداتی را به افکار و آرای روحانیون وارد آورده و خواهان کناره‌گیری و عدم دخالت آنان در امور مملکت و سیاست شدند. از نظر آنان همان‌‌طورکه غرب در جریان تحول تاریخی‌اش مذهب را از سیاست جدا کرده بود، ایرانیان نیز می‌باید برای ترقی و پیشرفت در چنین راهی گام بردارند.»[lxvi]