دوره اول
دوره اول حوزه علمیه مشهد خاص این شهر نیست، بلکه به خراسان بزرگ اختصاص دارد. چرا که این دوره عصر حضور امام رضا(ع) را دربر مىگیرد و امام تنها در یک شهر ساکن نبودند بلکه از مدینه تا خراسان در طى عبور از شهرهاى مختلف به نشر معارف علوى اهتمام داشتند و حدیث «سلسله الذهب» (1) که در نیشابور ایراد شه یکى از آن موارد است.
این حوزه علمى سیار در حالى به ایفاى نقش پرداخته که امام از سوى رژیم غاصب عباسى، در محاصره کامل قرار داشت و راههایى انتخاب شد که امام از دسترس شیعیان دور باشد. چنانکه شیخ مفید مىنویسد:
مامون به فرستادگان خود دستور داد امام (ع) و گروهى از خاندان ابىطالب را از راه بصره، اهواز و فارس به سوى مرو حرکت دهند. (2) و راه دیگر را که همان راه کوفه، جبل در عراق، کرمانشاه و قم - که از نقاط شیعه نشین و مراکز قدرت شیعیان بود - روا ندانست. چون ممکن بود با مشاهده امام (ع) هیجانى شیعیان مسیر را فراگیرد و وى را نزد خویش نگاه داشته، مانع از حرکت ایشان به مرو گردند.
ورود امام رضا(ع) به مرو همزمان با توطئه دیگرى بود که مامون براى از میان بردن فرهنگ شیعى در خصوص «علم لدنى» امام پىافکنده بود. تشکیل جلسات با حضور دانشمندان مذاهب و فرق مختلف اسلامى و دیگر ادیان جز براى مخدوش جلوه دادن علم امام و از اعتبار انداختن منصب امامت چیز دیگرى نبود. ولى از آنجایى که تمام این مناظرات علمى با پیروزى امام رضا(ع) همراه بود، مامون بر آن شد که امام را در محدودیت قرار دهد و از برپایى جلسات مناظره خوددارى کند.
عصر رضوى برابر با نهضت ترجمه بود و این مساله باعث رویارویى دو نوع اندیشه متضاد شد که امام رضا(ع) در مکتب توحیدى خویش با مباحث کلامى به آن پاسخ مىفرمود. از جلمه مواردى که به دست ما رسیده است عناوین ذیل است:
- مقابله با تشبیه و تجسیم خداوند
- توصیف صفات الهى
- مقابله با اندیشه رؤیتخداوند
- مساله بداء
و...
که این همه مناظرات و احتجاجات امام تدوین و شرح شده و دیدگاه اسلام را در مبحث الهیات بیان داشته است. (3)
مکتب رضوى پس از وجود مبارک حضرت زیر نظر شاگردان برجستهشان تداوم یافت و در نشر تفکر شیعى مؤثر افتاد.
دوره دوم
پس از شهادت هشتمین پیشواى شیعیان در ایران، ایشان در قریهاى از قراء طوس به نام «سناباد» مدفون گردید و شیعه از آن پس این نقطه را مرکز علمى فرهنگى خویش قرار داد و با ایجاد حلقات درس در کنار تربت آن امام بر رونق منطقه افزوده گشت. این دوره از قرن سوم تا نهم هجرى را شامل مىگردد که در آن بزرگانى بسان شیخ طوسى و شیخ طبرسى (متوفى 584 ق.) مىزیستهاند. (4) لیکن اوضاع آشفته این دوره با روى کار بودن دولتهاى سنى مذهب و رجال سختگیر آنها مانند خواجه نظام الملک و وجود جنگها و حملات وحشیانه تیموریان و مغولان، باعث رکود علمى در این حوزه گردیده است. با وجود این همه حملات نظامى و فرهنگى کتاب وزین «مجمع البیان فى تفسیر القرآن» (اثر شیخ طبرسى) در این دوره از حوزه علمیه مشهد نگارش یافته است.
مدارسى که در این دوره در مشهدالرضا(ع) وجود داشت عبارت بودند از:
1- مدرسه مشهد امام رضا(ع)
2- مدرسه بالاسر
3- مدرسه پریزاد
4- مدرسه دو در
5- مدرسه امیر سیدى (5)
دوره سوم
این دوره از قرن دهم تا سیزدهم را شامل مىگردد.«گویا در قرن دهم با وجود توجه فراوانى که به مشهد از جنبه مذهبى مىشد، حوزه علمیه این شهر چندان رونق نداشته و علماى معروف در آن حوزه به تدریس اشتغال نداشتهاند و شاید به همین جهت بوده که مدارس علمى آن از دو یا سه مدرسه قدیمى تجاوز نمىکرد و مدرسه جدیدى در آن بنیاد نشده است. علماى معروف مشهد در این قرن، یکى «ملاعبدالله شوشترى» (متوفى 997ق.) است که به دست ازبکان در هرات به قتل رسیده و دیگرى «مولانا محمد رستمدارى» (متوفى اوایل قرن یازدهم) که نامهاش به علماى ازبک به تفصیل در مجالس المؤمنین و مطلع الشمس نقل شده و گواه دانش و قدرت علمى اوست.
در قرن یازدهم وضع حوزه تفاوت زیادى یافته و علما و مدرسان معروف در آن به تدریس مشغول شدهاند. مدارس متعددى بنا شده و طلاب و محصلین براى استفاده از هر سو گرد آمدهاند. در حقیقت قرن یازدهم را مىتوان مبدا اهمیت و عظمتحوزه علمى مشهد دانست. مخصوصا در نیمه دوم این قرن، حوزه مشهد از لحاظ کثرت علما و مدرسین در ردیف حوزههاى مهم شیعه قرار گرفت و طلاب از شهرهاى دیگر به آن رو آوردند و حتى مدرس بزرگ و معروفى همچون «مولانا محمد باقر» معروف به «محقق سبزوارى» مؤلف دو کتاب، ذخیره و کفایه در فقه که در اصفهان داراى مقام ریاست علمى و ملقب به شیخ الاسلام بود، در اواخر این قرن به مشهد هجرت کرد و مدرسه قدیمى «سمیعیه» را - که از آن پس به نام او «باقریه» نامیده شد و تاکنون به این نام باقى است تجدید بنا نمود و خود در آن به تدریس و ربیتشاگردان مشغول شد. (6)
از دیگر رجال علم و دانشمند شیعه که در این دوره حوزه علمیه مشهد را رونق بخشیدند، شیخ محمد حر عاملى (متوفى 1104 ق.) است که با تالیفات خویش بسان «وسائل الشیعه » و «اثبات الهداه » در تدوین احادیث فقهى شیعه امامیه و اثبات حقانیت امامان معصوم(ع) تلاش بلیغ نموده و کتاب حدیثى او تا زمان ما مورد رجوع فقهاى امامیه است و محدث نورى با تدوین کتا مستدرک به تکمیل آن همت گمارده است.
حوزه علمیه مشهد پس از یک قرن فعالیت پربار، در دو قرن 12 و 13 هجرى رونق خود را از دست داد و دانش پژوهان پس از طى علوم مقدماتى و سطح، در حوزههاى علمیه اصفهان و نجف به ادامه تحصیل مىپرداختند.