هخامنشیان همچون نیاکان خود عادت به کوچ کردن داشتند ، و معمولاً همه سال را در یک جا به سر نمی‌بردند، بلکه بر حسب اقتضای آب‌و‌هوا، هر فصلی را در یکی از پایتخت‌های خود سر می‌کردند. در فصل سرما ، در بابل و شوش اقامت داشتند ، و در فصل گرمی ِهوا به همدان می‌رفتند که در دامنه کوه الوند بود و هوای تازه و خنکی داشت .
این سه شهر « پایتخت » به معنی اداری و سیاسی و اقتصادی بودند، اما دو شهر دیگر هم بودند که « پایتخت آئینیِ » هخامنشیان به شمار می‌رفتند، یکی پاسارگاد که در آنجا آیین و تشریفات تاجگذاری شاهان هخامنشی برگزار می‌شد، و دیگری « پارسَه » که برای پاره‌ای تشریفات دیگر به کار می‌آمد.
این دو شهر « زادگاه » و « پرورشگاه » و به اصطلاح « گهواره » پارسیان به شمار می‌رفت، و گور بزرگان و نام‌آوران آنان در آنجا بود و اهمیت ویژه‌ای داشتند؛ به عبارت دیگر، این‌ها مراکز مذهبی ایرانیان هخامنشی بودند، مانند اورشلیم و واتیکان، که نظر به اهمیت آیینی خود، مرکز ثقل بسیاری از حوادث بوده‌اند. البته از این دو تخت‌جمشید بیشتر اهمیت داشته است و به همین دلیل، اسکندر مقدونی آن را به عمد آتش زد تا گهواره و تکیه‌گاه دولت هخامنشی را از میان ببرد.
نام راستین این شهر پارْسَهْ بوده است که از نام قوم پارسی آمده است و آنها ایالت خود را هم به همان نام پارس می‌خواندند. پارسه به همین صورت در سنگ نوشته خشیارشا بر جرز درگاهای « دروازه همه ملل » نوشته شده است، و در لوحه‌های عیلامی مکشوفه از خزانه و باروی تخت‌جمشید هم آمده است. یونانیان از این شهر بسیار کم آگاهی داشته‌اند، به دلیل این که پایتخت اداری نبوده است، و در جریان‌های تاریخ سیاسی، که مورد نظر یونانیان بوده، قرار نمی‌گرفته. به علاوه، احتمال دارد که به خاطر احترام ملی و آئینی شهر پارسه، خارجیان مجاز نبوده‌اند به مکان‌های مذهبی رفت وآمد کنند و در باب آن آگاهی‌هایی به دست آورند؛ همچنان که تا پایان دوره قاجار، سیاحان اروپایی کم‌تر می‌توانستند در باب مشاهد و امام‌زاده‌های ایرانی تحقیق کنند. بعضی گمان کرده‌اند که در برخی از نوشته‌های یونانی از پارسه به صورت پارسیان «persain» و یا شهر پارسیان نام رفته است، اما این گمان مبنای استواری ندارد.
پِرسِه پُلیس ( پرسپولیس )
نام مشهور غربی تخت‌جمشید ، یعنی پِرْسِهْ پُلیْس (Perse Polis) ریشه غریبی دارد. در زبان یونانی، پْرسهْ‌پُلیْس و یا صورت شاعرانه آن پِرْسِپ‌ْتوُلیْس Persep tolis لقبی است برای آِتِنه، الهه خرد و صنعت و جنگ، و «ویران‌کننده شهرها» معنی می دهد.این لقب را آشیل، شاعر یونانی سده پنجم ق.م. در چکامه مربوطه به پارسیان، به حالت تجنیس و بازی با الفاظ، در مورد «شهر پارسیان» به کار برده است (سُوکنامه پارسیان، بیت 65). این ترجمه نادرست عمدی، به صورت ساده‌‌ترش، یعنی پرسه پلیس، در کتب غربی رایج گشته و از آنجا به مردم امروزی رسیده است. خود ایرانیان نام «پارسه» را چند قرن پس از برافتادنش فراموش کردند چون کتیبه‌ها را دیگر نمی‌توانستند بخوانند و در دوره ساسانی آن را «صدستون» می‌خواندند. البته مقصود از این نام، تنها کاخ صدستون نبوده است، بلکه همه بناهای روی صفه را بدان اسم می‌شناخته‌اند. در دوره‌های بعد، در خاطر ه مردم فارس، «صدستون» به «چهل ستون» و «چهل‌منار» تبدیل شد. جُزَفا باربارو، از نخستین اروپاییانی که این آثار را دیده است (سال 1474 میلادی)، آن را ِچْل‌‌مِنار (چهل‌منُار) خوانده است. پس از برافتادن هخامنشیان خط و زبان آنها نیز بتدریج نامفهوم شد و تاریخ آنان از یاد ایرانیان برفت، و خاطره شان با یاد پادشاهان افسانه‌ای پیشدادی و نیمه تاریخی کیانی درهم آمیخت، و بنای شکوهمند پارسه را کار جمشید پادشاه افسانه‌ای که ساختمان‌های پرشکوه و شگرف را به او نسبت می‌دادند دانستند و کم‌کم این نام افسانه‌ای را بر آن بنا نهادند.
صفه ی پارسه
تخت‌جمشید بر روی صفه‌ای بنا شده است که کمی بیشتر از یکصد و بیست‌و پنج هزار متر مربع وسعت دارد. خود صفه برفراز و متکی به صخره‌ای است که از سمت شرق پشت به کوه میترا یا مهر (= کوه رحمت) داده است و از شمال و جنوب و غرب در درون جلگه مرودشت پیش رفته و شکل آن را می‌توان یک چهار ضلعی دانست که ابعاد آن تقریباً چنین است: 455 متر در جبهه غربی ، 300 متر در طرف شمالی ، 430 متر در سوی شرقی و 390 متر در سمت جنوبی کتیبه بزرگ داریوش بر دیوار جبهه جنوبی تخت، صریحاً گواهی می‌دهد که در این مکان هیچ بنایی قبل از وی موجود نبوده است.
کارهای ساختمانی تخت‌جمشید به فرمان داریوش بزرگ در حدود 518 ق.م آغاز شد. اول از همه می‌بایست این تخت بسیار بزرگ را برای برآوردن کوشک شاهی آماده سازند: بخش بزرگی از یک دامنه نامنظم سنگی را مطابق نقشه معماران، تا ارتفاع معینی که مورد نظرشان بود، تراشیدند و کوتاه و صاف کردند و گودیها را با خاک و تخته‌سنگ‌های گران انباشتند، و قسمتی از نمای صفه را از صخره طبیعی تراشیدند و بخشی دیگر را با تخته‌سنگ‌های کثیرالاضلاع کوه پیکری که بدون ملاط بر هم گذاشتند برآوردند و برای آن‌که این سنگ‌های بزرگ بر هم استوار بمانند آنها را با بست‌های دم چلچله‌ای آهنی به هم پیوستند و روی بست‌ها را با سرب پوشانیدند (این بست‌های فلزی را دزدان و سنگ‌ربایان کنده و برده‌اند؛ تنها تعداد کمی از آنها را بر جای مانده‌اند). این تخته سنگ‌ها یا از سنگ آهکی خاکستری رنگی است که از کوه و تپه‌های اطراف صفه استخراج می‌شده و یا سنگ‌های آهکی سیاهی شبیه به مرمر است که از کانهای مجدآباد در 40 کیلومتری غرب تخت‌جمشید می‌آورده‌اند. خرده سنگ‌ها و سنگ‌های بی‌مصرف حاصل از تراش و تسطیح صخره را نیز به درون گودها ریختند. شاید در همین زمان بوده است که با آب انبار بزرگ چاه مانندی در سنگ صخره و در دامنه کوه مهر (= کوه رحمت) به عمق 24 متر کندند.
پس از چند سال، صاف کردن صخره طبیعی و پر کردن گودیها به پایان رسید و تخت هموار گشت. آن‌گاه شروع به برآوردن شالوده بناها کردند و در همان زمان دستگاه آب دَرکُنی تخت‌جمشید را ساختند بدین معنی که در دامنه آن قسمت از کوه رحمت که مشرف بر تخت است آبراهه‌هایی کندند و یا درست کردند، و سر این آبراهه‌ها را در یک خندق بزرگ و پهن، که در پشت دیوار شرقی تخت کنده بودند، گذاشتند تا آب باران کوهستان از راه آن خندق به جویبارهایی در جنوب و شمال صفه راه یابد و به دَر رَوَد. بدین‌گونه خطر ویرانی بناهای روی تخت ناشی از سیلاب جاری از کوهستان از میان رفت، اما بعدها که این خندق پُر شد آب باران کوهستان قسمت اعظم برج و باروی شرقی را کند و به درون محوطه کاخها ریخت و آنها را انباشت، تا این که در هفتاد سال گذشته؛ باستان‌شناسان این خاک‌ها را بیرون ریختند و چهره بناها را دوباره روشن ساختند. بر روی خود صفه، آبراهه‌های زیرزمینی کنده‌اند که از میان حیاط و کاخها می‌گذشت و آب باران سقف‌ها از راه ناودان‌هایی که مانند لوله بخاری و با آجر و ملاط قیر در درون دیوارهای ستبر خشتی تعبیه کرده بودند، وارد آبراهه‌های زیرزمینی می‌شد و از زیر دیوار جنوبی به دشت و خندقی در آن جا می‌رسید. هنوز قسمت‌هایی از این آبراه‌های زیرزمینی و ناودان‌های درون دیوارها را در گوشه‌و‌کنار تخت‌جمشید می‌توان یافت. هم اکنون نیز آب باران‌های شدید زمستانی از این آبراه‌ها به در می‌رود.