ام با اینکه در جریان این نهضت‌ها بر نقش روحانیت تأکید گسترده دارد، در مواردی به نقاط ضعف آنان و نیز شکستهایی‌که نصیب آنان شده اشاره فرموده است: «البته گاهی مثل همان قضیه میرزای شیرازی که همه ایران با هم تبعیت کرده‌اند پیروز بوده‌اند و گاهی هم شکست می‌خوردند.» تکیه بر این موارد برای عبرت آموزی روحانیت مطرح گردیده به طوری که با علت‌یابی این شکستها این بار در جریان انقلاب اسلامی‌بیشتر مراقب رفتار سایر چهره‌های فکری شریک در انقلاب باشند.
در جریان مشروطه، جدای از نقشی که سیاست خارجی و یا عناصر وابسته به دربار در جریانات داشتند دو قشر روحانی و منورالفکرکار اصلی را بر دوش داشتند.
نقش روحانیت در پیدایش جنبش و نیز آرمان دفاع از مردم استوار بود اما منورالفکران در باروری فکری‌مشروطه از زاویه ترویج فکر غرب تلاش می‌کردند و طبعاً در این مسیر نمی‌توانستند هماهنگی با فکر دینی و نماینده آن روحانیت‌داشته باشند.
در جنبش مشروطیت همین علما در رأس بودند اصل مشروطیت اساسش از نجف به دست علما و در ایران به دست علما شروع شد و پیش رفت این قدر که آنها می‌خواستند که مشروطه تحقق پیدا کند و قانون اساسی در کار باشد شد، لیکن بعد از آنکه شد، دنباله‌اش گرفته نشد.
مردم بی‌طرف بودند روحانیون هم رفتند هر کس سراغ کار خودش.
ضعفی که برخی از چهره‌های روحانی از خود بروز دادند این بود که فریب برخی از رفتارهای روشنفکران را خورده و همراه با آنان وبرای پیروزی فکر آنها تا جایی پیش رفتند که عاقبت خود را شکست خورده یافتند.
امام در این باره می‌فرماید: «از اول که مشروطه را اینها درست کردند این شیاطین که متوجه مسایل بودند روحانیون و مؤمنینی که تبع آنها بودند بازی دادند اینهارا، خدعه کردند، متمم قانون اساسی را قبول کردند و اینها، لیکن وقت عمل، عمل نکردند به متمم قانون اساسی یعنی پنج نفرمجتهد در مجلس نیاوردند.» کار متمم قانون اساسی در باره نظارت مجتهدین از آنِ شیخ شهید نوری بود که بعد از این، از آن سخن خواهیم گفت.
در واقع آنچه‌مسلم است اینکه شیخ شهید نوری این خدعه را نخورد اما دیگران دیر متوجه قضیه شدند گرچه هم شیخ و هم سید عبدالله به‌دست همان مشروطه خواهان از صحنه خارج شدند.
در این باره امام می‌فرماید: «ببینید چه جمعیت‌هایی هستند که روحانیین را می‌خواهند کنار بگذارند همان طوری که در صدر مشروطه با روحانی این کار راکردند و اینها زدند و کشتند و ترور کردند همان نقشه است.
آن وقت ترور کردند سید عبدالله بهبهانی را، کشتند مرحوم نوری را، و مسیر ملت را از آن راهی که بود برگرداندند به یک مسیر دیگر و همان نقشه الان هست که مطهری را می‌کشند فردا هم شاید من و پسفردا هم یکی دیگر را.» ما نظیر همین تجربه را در مقطع دیگری از تاریخ خود یعنی نهضت ملی شدن نفت شاهد بودیم.
تجربه‌ای که نشان داد روحانیتی که‌نقش تعیین کننده‌ای در تعمیق این نهضت داشت چگونه توسط منورالفکران به کناری نهاده شده و حتی متهم به انواع تهمت‌هاگردیدند.
گرچه عاقبت خود نیز نتوانستند رشته کار را حفظ کرده و از نظر سیاسی دچار وضع بدتری شدند.
این تجربه هم در مشروطه رخ داد و هم در نهضت نفت، طبعاً امام با هشیاری تاریخی از این تجربه عبرت کافی گرفته و این بار موضع‌برتری در برابر قسمتی از روشنفکران مذهبی غربگرا اتخاذ کرد، زمانی که این افراد کوشیدند تا در دولت موقت، قدرت را از دست‌امام بگیرند یا در زمانی بنی صدر خواستند اثبات کنند مردم چند درصد او را بیش از ا مام دوست دارند، امام با موضع‌گیری‌های معقول و به پشتوانه هشیاری مردم، آنان را به کناری نهاد.
در غیر این صورت یکبار دیگر نیز روحانیت دچار خدعه و نیرنگ‌منورالفکران شده بود.
حضرت امام آنها را پله پله از نردبانی که فکر می‌کردند روحانیت برای ترقی آنان درست کرده، پایین کشیدند.
حضرت امام در باره شگردی که در مشروطه عمال سیاست خارجی برای جایگزینی غربزده‌ها به جای روحانیت به کار بستند،می‌فرماید: «از آن طرف عمال قدرت‌های خارجی و خصوصاً در آن وقت انگلستان در کار بودند که اینها را از صحنه خارج کنند یا به ترور و یا به تبلیغات.
گویندگان آنها کوشش کردند به اینکه روحانیون را از دخالت در سیاست خارج کنند و سیاست را بدهند به دست آنهایی که‌می‌توانند به قول آنها، یعنی فرنگ رفته‌ها و غربزده‌ها و شرق‌زده‌ها و کردند آنچه را کردند.
یعنی اسم مشروطه بود و واقعیت استبداد،آن استبداد تاریک ظلمانی شاید بدتر از زمان، و حتماً بدتر از زمان‌های سابق.» از مسایلی که زمینه این جایگزینی را فراهم کرد این بود که روحانیت با سرخوردگی از برخی از قضایا خود را کنار کشید، آنها دربحبوحه داغی جریانات حضور داشتند اما متأسفانه بعد از اوج‌گیری انحرافات، آن عده که در قید حیات بودند تنها به درس و بحث خاص خود پرداختند گرچه زندگی دینی توده‌های مسلمان و حفظ اسلام در وجود آنها نیز به دست آنان بود، امام در این بارهمی‌فرماید: «در جنبش مشروطیت همین علما در رأس بودند اصل مشروطیت اساسش از نجف به دست علما و در ایران به دست علما شروع شد و پیش رفت این قدر که آنها می‌خواستند که مشروطه تحقق پیدا کند و قانون اساسی در کار باشد شد، لیکن بعد از آنکه شد، دنباله‌اش گرفته نشد.
مردم بی‌طرف بودند روحانیون هم رفتند هر کس سراغ کار خودش.» و در جای دیگر نیز حضرت امام فرمودند: «اگر روحانیون، ملت، خطبا، علما، نویسندگان، روشنفکران متعهد سستی بکنند و از قضایای صدر مشروطه عبرت نگیرند به سر این‌انقلاب آن خواهد آمد که به سر انقلاب مشروطه آمد.» و نیز در جای دیگری می‌فرماید: «..
و مثل زمان مشروطیت نشود که آنها که اهل کار بودند مأیوس بشوند و کنار بروند، که در زمان مشروطیت همین کار را کردند ومستبدین آمدند و مشروطه خواه شدند و مشروطه خواهان را کنار زدند.» «..
و مثل زمان مشروطیت نشود که آنها که اهل کار بودند مأیوس بشوند و کنار بروند، که در زمان مشروطیت همین کار را کردند ومستبدین آمدند و مشروطه خواه شدند و مشروطه خواهان را کنار زدند.» جدای از یأسی که بر بعضی از روحانیون عارض شد، مشکل دیگری نیز روحانیت دچار آن بود و آن اینکه صرفنظر از اختلافات‌فکری موجود بین موافقین و مخالفین، کسانی نیز عملاً بین روحانیون اختلاف افکنی می‌کردند، و بی‌توجهی روحانیت به این مسأله، باعث شد تا آن قدر دو گانگی بوجود آید که کسانی از آنها حتی در برابر به شهادت رساندن شیخ فضل‌الله سکوت کنند امام در این‌باره می‌فرماید: «تاریخ درس عبرت است برای ما، شما وقتی تاریخ مشروطیت را بخوانید می‌بینید که مشروطه بعد از اینکه ابتدا پیش رفت،دست هایی آمد و تمام مردم ایران را به دو دسته تقسیم بندی کرد.
نه ایران تنها، از روحانیون بزرگ نجف یک دسته مخالف یک دسته طرفدار مشروطیت یک دسته دشمن مشروطه، علمای خود ایران یک دسته طرفدار مشروطه یک دسته مخالف مشروطه ...
همان مستبدین بعدها آمدند و مشروطه را قبضه کردند و رساندند به آنجایی که دیدید و دیدیم ...
در ایران هم بین علما همین جوراختلافات را ایجاد کردند و اینطور نبود که خود به خود ایجاد شد ایجاد کردند در بین آنها.
ما باید از این تاریخ درس عبرت بگیریم که‌مبادا یک وقتی در بین شما آقایان روحانیون، بیفتند اشخاصی یا در بین مردم وسوسه کنند و خدای نخواسته آن امری که در مشروطه‌اتفاق افتاده در ایران اتفاق بیفتند!» نقش علماء شیعه در انقلاب مشروطه انقلاب مشروطه تحت رهبری دو تن از روحانیون برجسته طهران شروع شد.
بهبهانی و طباطبایی، به علـّت مقام و منصبی عالی و محبوبیتی که داشتند، توانستند توده های مردم را بسیج کنند، و این عامل کلیدی در موفـّـقیت اوّلیه انقلاب بود.
نهضت به صورت اعتراضی علیه وزیر اصلی شاه، و مشاور بلژیکی، که اصلاحات گمرکی اش تأثیری نامطلوب بر منافع طبقه بازرگان گذاشته بود، شروع شد.
امّا با تداوم آن، علما توقـّـعات جدیدی را مطرح کردند و در ابتدا خواهان تأسیس عدالت خانه برای رسیدگی به شکایات مردم شدند، و بعدا ً، تحت نفوذ مسئولین اصلاح طلب، تشکیل مجلس ملـّی را طالب شدند.
دو تن از علمای طراز اوّل که اعتراض مردمی را رهبری می کردند دارای انگیزه های متباینی برای شرکت در نهضت بودند.
طباطبایی خود را وقف اصلاحات کرده و صادقانه نگران عدالت اجتماعی بود.
او با اعضاء اصلاح طلب نخبگان سیاسی در ارتباط بود.
بهبهانی، که نفوذش از طباطبایی بیشتر بود، مشتاق اعاده تفوّق پیشین خود در میان علمای طهران بود.
آنچه که در وهله اولی مورد توجّه و علاقه او قرار داشت ساقط کردن صدر اعظم بود که از نوری، رقیب اصلی بهبهانی و متنفـّـذترین روحانی در میان علمای پایتخت حمایت میکرد.
ابتدا، نوری با اکراه به اردوی مشروطه طلبان پیوست.
او که در کنار بهبهانی و طباطبایی فعالیت داشت، توانست، از طریق پیش نویس متمّم قانون اساسی، به نحو بارزی بر شکل نظام جدید سیاسی تأثیر بگذارد.
علما در شکل گیری قوانین انتخاباتی و قانون اساسی دست نداشتند.
قوانین متمّم وسیله ای شد که از طریق آن آنها سعی کردند برتری خود را در مجلس تأمین کنند.
بحث بر سر قوانین متمّم قانون اساسی اوّلین درگیری عمده در مجلس بین حامیان اصلاحات ریشه ای و گروه محافظه کار، از جمله علمای اصلی بود.
قوانین اعلام می داشت که فرقه اسلامی شیعه باید دیانت رسمی مملکت باشد، و به لحاظ نظری، و از طریق مادّه ای که تصویب قوانین موضوعه را توسط کمیته ای از علما لازم می شمرد، برتری روحانیون بر مجلس را تضمین می کرد.
علما همچنین توانستند تأثیر خود را بر سایر موادّ قانونی، از جمله آزادی مطبوعات، بگذارند امّا در مسأله مربوط به تساوی عموم در مقابل قانون، زمینه را به افراطیون واگذاشتند.
پیش نویس نهایی به شهروندان ایرانی غیر مسلمان موقف قانونی برابر با هموطنان مسلمانشان می بخشید.
مادّه مزبور اعضاء گروه هایی را که لامذهب شمرده میشدند در بر نمی گرفت.
منازعات عمده داخل مجلس و مخالفت شدید از خارج از مجلس، همراه با یأس و سرخوردگی مردم، به سلطان مستبدّ فرصتی برای خنثی کردن نظام مشروطه بخشید.
در تابستان 1908، کمتر از دو سال بعد از آن که پادشاه ضعیف النـّـفس، مظفّرالدّین شاه به حکم سلطنتی تشکیل مجلس را اجازه داد، پسرش محمّدعلی شاه، با حمایت چندین نفر از علمای برجسته، نفس نماد نظام جدید را منهدم ساخت.
کودتای او با مقاومت مشروطه خواهان آذربایجان، که از ایالات مهمّم کشور شاهنشاهی بود، مواجه شد و عصیان به زودی گسترش یافت.
یک سال بعد از کودتا، قوای مشروطه خواه طهران را تسخیر کردند و نظام پارلمانی را مجدّدا ًبرقرار ساختند.
مجلس دوم، که در نوامبر 1909 گشایش یافت، شاهد تجدید منازعات قدیم بین مشروطه خواهان افراطی و اعتدالیون، از جمله بهبهانی و چند نفر دیگر از علما بود.
بهبهانی با این دیدگاه از تبعید بازگشته بود که منصب رهبری خود در کشور را بازپس گیرد.
امّا، تا این زمان دموکراتها قوی تر شده بودند و برای محدود کردن نفوذ سیاسی علما با شدّت بیشتری فعالیت می کردند.
در مجموعه جدید قدرت، دموکراتها سردار اسعد، فرمانده قوای مجاهدین بختیاری، را به خود جذب کرده بودند.
در تابستان 1910، وقتی بهبهانی به حرکتی دست زد که تهدید میکرد موقعیت تقی زاده در مجلس به پایان خود برسد، به قتل رسید.
دور شدن او از صحنه سیاسی نفوذ روحانیون در عصر مشروطه را به پایین ترین حدّ خود رساند.
علما رهبری نهضتی را به دست گرفته بودند که عواقب آنها را به سختی می توانستند مجسّم نمایند.
موقعی که انقلاب شکل گرفت، گروه های افراطی را به صحنه آورد که هدفشان تغییرات عمده ای بود که منافع علما را به عنوان یک نهاد تهدید می کرد.
شخصیت های محافظه کار مانند نوری، از خوف اصلاحات مدرن کننده و نفوذ گروه های ضدّ روحانیون، به اردوی ضدّ مشروطه خواهی پیوست، درحالی که منافع دیگر کسان مانند بهبهانی آنچنان بستگی نزدیکی به نهضت داشت که آنها نتوانستند دبّه در آورند، و در عوض سعی کردند در درون نظام برای حفظ منصب و مقام ممتاز خود تلاش کنند.
هر دو گره در تلاشهای خود شکست خوردند، و عصری که بلافاصله بعد از انقلاب مشروطه شروع شد شاهد انحطاط بیشتر در مقام و موقف علما بود.